慢性HCV血液转录特征数据集（Affymetrix数据）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-40184

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究通过分析10例未接受治疗的HCV患者和6名健康志愿者的血液样本，表征了慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染对基因表达的影响。对外周血单核细胞（PBMCs）微阵列数据的差异表达分析识别出一个包含136个基因的特征谱，其中66个基因在感染者中表达升高。大多数上调基因与干扰素（IFN）活性相关（包括OAS和MX家族成员、ISG15和IRF7），提示存在持续的免疫应答。该HCV特征谱在其他许多病毒感染和疫苗接种数据集中也一致富集。利用由5例HCV患者和5名健康志愿者组成的第二队列对这些基因进行了验证，证实了IFN特征谱的上调。总之，这是首个直接比较HCV患者与健康对照血液转录谱的研究。结果表明，慢性HCV感染对感染者PBMCs的基因表达具有显著影响，并显著提高了一组干扰素刺激基因的表达。

在印第安纳大学医学院，从一组10名感染1型丙型肝炎的患者中，在开始治疗前采集了全血样本。对照血液样本则来自健康的学生志愿者。使用10毫升Ficoll-Hypaque梯度离心法（Amersham/Pharmacia，皮斯卡塔韦，新泽西州）从队列的全血样本中分离出外周血单个核细胞（PBMCs），并在几小时内提取RNA。随后，按照Affymetrix（圣克拉拉，加利福尼亚州）推荐的方案处理RNA，并在Affymetrix人类基因组U133阵列上进行检测。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。