持续免疫激活与两栖动物壶菌真菌易感性关联

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A72d020c28476a60b9e77b12bf64da4d4cf8d34170baaf7adcc6a9b76bd1a67ee

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由真菌Bd引起的疾病——壶菌病，已对全球两栖动物种群造成毁灭性影响。宿主易感性的功能基因组学贡献仍不清楚，并且在不同物种和种群之间存在差异。我们在Rana yavapaiensis（一种对壶菌病易感性存在种内变异的物种）中进行了实验性Bd感染，以评估感染随时间推移的皮肤和脾脏转录组反应。我们曾预测免疫基因表达增加会与积极的疾病结局相关，但我们反而发现，与易感蛙和未感染对照组相比，存活蛙的免疫基因表达显著降低。与存活蛙相比，易感蛙的MHC II类β基因表达也显著更高。此外，易感蛙表达了显著更多数量的不同II类β等位基因，表明II类β表达、功能多样性与存活之间存在负相关。

先前与Bd疾病结局相关的MHC II类β位点的表达，是早期感染阶段Bd感染强度的显著预测因子，但在晚期感染阶段则不然，这表明初始的MHC相关免疫过程对最终疾病结局具有重要作用。我们通过疾病关联和系统发育分析推断，某些MHC变异与生存呈负相关的免疫表达相关联，并据此假设，未表达这些等位基因的蛙类可能更能耐受感染。我们的研究发现，早期和晚期感染阶段的MHC表达可预测Bd感染强度，并提示，对于这一部分易感的物种而言，产生针对Bd的持续性免疫应答可能反而不利于在壶菌病中存活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。