PTB预防候选药物单细胞扰动图谱

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A2791e53286ab43f8ff1b73e5bc2199fad9d0625c0eda302dce9ef7a03f00ca75

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

早产（PTB）是五岁以下儿童死亡的主要原因，但目前缺乏有效的预防性治疗手段。PTB的多因素性质，以及妊娠期临床试验的高成本和伦理挑战，阻碍了药物研发工作。与此同时，靶向调节分娩时机的免疫通路正逐渐成为一种有前景的预防策略。我们提出了临床结局模拟免疫建模（SIMCO），这是一种预测集成模型，将单细胞免疫扰动建模与结局预测相结合，以快速评估PTB预防候选药物。为训练SIMCO，我们构建了一个包含2.18亿个白细胞的质谱流式扰动图谱，捕捉了药物对特定细胞类型和信号通路的影响，这些影响在妊娠与非妊娠个体之间存在差异。SIMCO准确再现了九种重定位候选药物所诱导的单细胞调控效应。

当应用于一个独立的纵向妊娠队列时，SIMCO模拟了……，# 数据来源：早产预防候选药物的单细胞扰动图谱 数据集DOI：10.5061/dryad.sqv9s4ngm ## 数据与文件结构说明 来自19名个体（n = 11名孕妇，PV01-PV11，以及n = 8名非孕妇，HV04-HV11），全血暴露于九种早产候选药物。候选药物缩写如下：氯噻酮（CHT）、马普替林（MAP）、二甲双胍（MF）、兰索拉唑（LPZ）、普伐他汀（PRA）、利福布汀（RIF）、水杨酸（SA）、水杨酸+兰索拉唑（SALPZ）和5-甲基四氢叶酸（THF）。二甲基亚砜（DMSO）以一式三份（DMSO1、DMSO2、DMSO3）作为无药物对照。药物暴露1小时后，体外培养的全血用LPS（50 ng/ml）、IFNα（50 ng/ml）、IL-33（50 ng/ml）、GM-CSF（50 ng/ml）、TNFα（50 ng/ml）、IL-2、IL-4和IL-6混合物（各50 ng/ml）、PI（0.5×）刺激，或在37 °C和5%条件下不刺激2小时

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。