利用基因组编辑技术重编程B细胞抗原特异性

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa3af74e8d61def638f7654eab67deb3526747d61b3144f79f3468a94450014c0

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们开发了一种方法，通过直接利用基因组编辑技术修改成熟B细胞的免疫球蛋白（Ig）基因，将新的抗原结合位点引入人抗体库。我们采用CRISPR-Cas9结合同源定向修复策略，将B细胞系中的重链（HC）可变区替换为来自HIV广泛中和抗体PG9的可变区。我们的策略旨在适用于那些已通过可变（V）、多样性（D）和连接（J）基因任意组合完成VDJ重排的细胞。修饰后的基因座表达PG9重链，该重链与天然轻链配对，导致细胞表面表达HIV特异性B细胞受体（BCRs）。工程化细胞中的内源性活化诱导胞苷脱氨酶（AID）允许Ig类别转换，并产生了具有改进抗HIV中和活性的BCR变体。因此，以这种方式工程化的BCRs保留了适应性免疫过程中亲和力成熟通常所需的遗传灵活性……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。