乌干达HIV感染者人类白细胞抗原等位基因与隐球菌病风险研究复现数据

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A5ee8bd9dc2befed0e3cae05d766b84d02b0f9b81fb791a0b1b37e267a0007df7

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

新型隐球菌是一种机会性真菌感染，也是HIV相关脑膜炎的主要原因，显著增加了AIDS相关死亡率，尤其是在非洲。尽管治疗取得了进展，但病死率仍然很高，这凸显了更好地理解宿主免疫应答的必要性。本研究探讨了人类白细胞抗原（HLA）基因变异与乌干达HIV感染者隐球菌病风险之间的关联。我们首先利用下一代测序技术，在四字段分辨率下对经典HLA I类和II类基因进行了分析，描述了前瞻性入组的乌干达人群中的等位基因流行情况。随后，我们进行了一项病例对照分析，纳入137名参与者，分为：1）播散性隐球菌病但无脑膜炎，2）隐球菌性脑膜炎，3）具有相似程度HIV疾病但无隐球菌感染的对照组。在符合分析标准的66个独特等位基因中，经多重比较校正后，我们发现HLA变异与播散性隐球菌病或隐球菌性脑膜炎风险改变之间无显著关联。

然而，在进行多重比较校正之前，HLA-DPB104:01显示出对播散性疾病和隐球菌脑膜炎的较低比值比。利用公共在线数据库，我们分析了预测的隐球菌肽与HLA-DPB104:01的结合以及预测的干扰素-γ反应，并确定了121个可行肽段——这促使我们推测主要表位的作用。本研究强调了进一步探究HLA系统在HIV相关隐球菌病宿主-病原体相互作用中重要性的必要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。