COVID-19 早期混合血清中针对人冠状病毒的线性 B 细胞表位分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Acf32792606c4fc8c9001125a140c4da37625839b6f1ac4610c08319f3ea8cde8

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：抗体在抵御感染性病原体的免疫防御中发挥关键作用。理解B细胞识别的潜在过程不仅具有基础研究意义，还支持诊断和治疗领域的重要应用。尽管构象性B细胞表位识别的本质固有复杂，线性B细胞表位提供了一种直接的方法，可能可简化为肽识别。方法：利用代表已知感染人类的七种主要冠状病毒全蛋白质组的重叠肽方法，我们分析了来自八名PCR确诊的COVID-19康复者和八名大流行前对照者的混合血清。使用高密度肽微阵列平台，原位合成重叠11个氨基酸的13聚体肽，并与混合的初级血清样本孵育，随后用荧光染料标记的抗IgG和抗IgA二抗进行显色。

检测到相互作用……肽微阵列设计 肽微阵列是使用七种人类冠状病毒（HCoVs）的蛋白质组设计的：·     HCoV-229E：7种蛋白质 ·     HCoV-HKU1(N1)：8种蛋白质 ·     HCoV-NL63：6种蛋白质 ·     HCoV-OC43：9种蛋白质 ·     MERS-CoV：9种蛋白质 ·     SARS-CoV：14种蛋白质 ·     SARS-CoV-2：13种蛋白质 开放阅读框（ORF）1a被排除在所有HCoV蛋白质组之外，因为ORF1ab涵盖了这些序列。作为阳性对照病原体，包含了人巨细胞病毒（HCMV，AD169株）的完整蛋白质组（由190种蛋白质组成）以及扎伊尔埃博拉病毒（Mayinga-76株，EBOZM）的完整蛋白质组（由9种蛋白质组成）。这265条蛋白质序列被表示为长度为13个氨基酸的肽段，相邻肽段重叠11个氨基酸，并以2个氨基酸为步长平移。由此共产生66581条非冗余的病毒来源肽序列。作为背景结合对照的来源，3900

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。