MIS-C患者与健康对照的已处理OLINK血清蛋白质组学数据
主题标签:免疫系统疾病、MIS-C、OLINK血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调、血管内皮功能障碍。本站分类:免疫系统疾病/其他

基本信息
资源简介
MIS-C患者与健康对照的已处理OLINK血清蛋白质组学数据
Processed OLINK serum proteomics data MIS-C patients versus healthy controls 是一个面向免疫系统疾病研究的血清蛋白质组学数据集,聚焦于儿童多系统炎症综合征(MIS-C)患者与健康对照之间的比较。该数据集由 Diorio 等人最初生成,经 dr. Levi Hoste 处理为当前提供的格式,作者标注为 Browaeys, Robin,由 Zenodo 发布,发布时间为 2024 年,采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。数据集在本站归类于免疫系统疾病 / 其他,主题涉及 MIS-C、OLINK 血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调以及血管内皮功能障碍,可用于免疫系统疾病相关的蛋白质组学分析与方法学研究。
【数据集背景】
该数据集来源于对 MIS-C 患者与健康对照的血清蛋白质组学比较研究。MIS-C 是一种与免疫系统相关的疾病,其蛋白质组学特征有助于理解疾病异质性及潜在机制。原始数据由 Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. 等人生成,相关成果发表于 Nature Communications 12, 7222 (2021),题为“Proteomic profiling of MIS-C patients indicates heterogeneity relating to interferon gamma dysregulation and vascular endothelial dysfunction”。当前提供的数据格式由 dr. Levi Hoste 处理完成。该数据集被用于 MultiNicheNet 包,并在相应更新手稿中被提及。
【数据内容】
该数据集包含经处理的 OLINK 血清蛋白质组学数据,用于比较 MIS-C 患者与健康对照。数据以处理后的格式提供,具体蛋白质种类、样本数量、分组规模等细节源站未提供。主题标签包括免疫系统疾病、MIS-C、OLINK 血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调、血管内皮功能障碍,反映了数据所涉及的生物学方向。
【采集与来源】
数据来源于 Diorio 等人开展的研究,原始成果发表于 Nature Communications。当前数据格式的处理由 dr. Levi Hoste 完成。数据集由 Zenodo 发布,来源站为 doi.org,作者标注为 Browaeys, Robin。关于样本采集地点、时间、人群特征及具体实验流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于免疫系统疾病特别是 MIS-C 相关的血清蛋白质组学分析,可用于比较 MIS-C 患者与健康对照之间的蛋白质表达差异,探索干扰素γ失调和血管内皮功能障碍等方向。由于该数据被用于 MultiNicheNet 包,也可用于多细胞通讯或配体-受体分析相关的方法学研究与验证。具体适用分析类型需结合数据实际内容判断,源站未提供详细使用建议。
【使用方法】
该数据集以处理后的格式提供,可用于 MultiNicheNet 包(https://github.com/saeyslab/multinichenetr)相关分析,并在相应更新手稿中被提及。关于数据加载、预处理步骤、分析参数等具体操作,源站未提供。
【质量与限制】
数据经 Diorio 等人生成并由 dr. Levi Hoste 处理,采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。关于数据质量评估、批次效应、缺失值、样本量限制等信息,源站未提供。使用者应结合原始发表文献及数据发布页面了解潜在限制。
【引用与许可】
使用该数据集时,应引用 Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. et al. Proteomic profiling of MIS-C patients indicates heterogeneity relating to interferon gamma dysregulation and vascular endothelial dysfunction. Nat Commun 12, 7222 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-27544-6。当前数据格式由 dr. Levi Hoste 处理。数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可,发布平台为 Zenodo,发布时间为 2024 年,作者标注为 Browaeys, Robin。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.10908002
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 118.6 KB。
数据说明
该数据集包含经处理的OLINK血清蛋白质组学数据,涉及MIS-C患者与健康对照的比较。数据由Diorio等人生成(Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. et al. 对MIS-C患者的蛋白质组学分析揭示了与干扰素γ失调和血管内皮功能障碍相关的异质性。Nat Commun 12, 7222 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-27544-6)。此处提供格式的处理工作由Levi Hoste博士完成。该表格用于MultiNicheNet软件包(https://github.com/saeyslab/multinichenetr),并在更新的相应手稿中被提及。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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