MIS-C患者与健康对照的已处理OLINK血清蛋白质组学数据

主题标签:免疫系统疾病、MIS-C、OLINK血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调、血管内皮功能障碍。本站分类:免疫系统疾病/其他

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datacite
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蛋白质分类免疫系统疾病MIS-COLINK血清蛋白质组学健康对照干扰素γ失调血管内皮功能障碍
Processed OLINK serum proteomics data MIS-C patients versus healthy controls

基本信息

模态
蛋白质
大小
0.000118633 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

MIS-C患者与健康对照的已处理OLINK血清蛋白质组学数据

Processed OLINK serum proteomics data MIS-C patients versus healthy controls 是一个面向免疫系统疾病研究的血清蛋白质组学数据集,聚焦于儿童多系统炎症综合征(MIS-C)患者与健康对照之间的比较。该数据集由 Diorio 等人最初生成,经 dr. Levi Hoste 处理为当前提供的格式,作者标注为 Browaeys, Robin,由 Zenodo 发布,发布时间为 2024 年,采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。数据集在本站归类于免疫系统疾病 / 其他,主题涉及 MIS-C、OLINK 血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调以及血管内皮功能障碍,可用于免疫系统疾病相关的蛋白质组学分析与方法学研究。

【数据集背景】

该数据集来源于对 MIS-C 患者与健康对照的血清蛋白质组学比较研究。MIS-C 是一种与免疫系统相关的疾病,其蛋白质组学特征有助于理解疾病异质性及潜在机制。原始数据由 Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. 等人生成,相关成果发表于 Nature Communications 12, 7222 (2021),题为“Proteomic profiling of MIS-C patients indicates heterogeneity relating to interferon gamma dysregulation and vascular endothelial dysfunction”。当前提供的数据格式由 dr. Levi Hoste 处理完成。该数据集被用于 MultiNicheNet 包,并在相应更新手稿中被提及。

【数据内容】

该数据集包含经处理的 OLINK 血清蛋白质组学数据,用于比较 MIS-C 患者与健康对照。数据以处理后的格式提供,具体蛋白质种类、样本数量、分组规模等细节源站未提供。主题标签包括免疫系统疾病、MIS-C、OLINK 血清蛋白质组学、健康对照、干扰素γ失调、血管内皮功能障碍,反映了数据所涉及的生物学方向。

【采集与来源】

数据来源于 Diorio 等人开展的研究,原始成果发表于 Nature Communications。当前数据格式的处理由 dr. Levi Hoste 完成。数据集由 Zenodo 发布,来源站为 doi.org,作者标注为 Browaeys, Robin。关于样本采集地点、时间、人群特征及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫系统疾病特别是 MIS-C 相关的血清蛋白质组学分析,可用于比较 MIS-C 患者与健康对照之间的蛋白质表达差异,探索干扰素γ失调和血管内皮功能障碍等方向。由于该数据被用于 MultiNicheNet 包,也可用于多细胞通讯或配体-受体分析相关的方法学研究与验证。具体适用分析类型需结合数据实际内容判断,源站未提供详细使用建议。

【使用方法】

该数据集以处理后的格式提供,可用于 MultiNicheNet 包(https://github.com/saeyslab/multinichenetr)相关分析,并在相应更新手稿中被提及。关于数据加载、预处理步骤、分析参数等具体操作,源站未提供。

【质量与限制】

数据经 Diorio 等人生成并由 dr. Levi Hoste 处理,采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。关于数据质量评估、批次效应、缺失值、样本量限制等信息,源站未提供。使用者应结合原始发表文献及数据发布页面了解潜在限制。

【引用与许可】

使用该数据集时,应引用 Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. et al. Proteomic profiling of MIS-C patients indicates heterogeneity relating to interferon gamma dysregulation and vascular endothelial dysfunction. Nat Commun 12, 7222 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-27544-6。当前数据格式由 dr. Levi Hoste 处理。数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可,发布平台为 Zenodo,发布时间为 2024 年,作者标注为 Browaeys, Robin。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.10908002

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 118.6 KB。

数据说明

该数据集包含经处理的OLINK血清蛋白质组学数据,涉及MIS-C患者与健康对照的比较。数据由Diorio等人生成(Diorio, C., Shraim, R., Vella, L.A. et al. 对MIS-C患者的蛋白质组学分析揭示了与干扰素γ失调和血管内皮功能障碍相关的异质性。Nat Commun 12, 7222 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-27544-6)。此处提供格式的处理工作由Levi Hoste博士完成。该表格用于MultiNicheNet软件包(https://github.com/saeyslab/multinichenetr),并在更新的相应手稿中被提及。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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