PRJNA1314973:年龄与疾病分层的人血浆病毒组

该数据集来自 NCBI,聚焦人血浆病毒组与免疫标志物,覆盖 0-16 岁年轻队列和 63-100 岁老年队列。老年队列血样于 2023 年 3 月至 7 月在泰州第四人民医院采集,年轻队列样本于 2024 年 8 月至 11 月在上海儿童医院采集

sra
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基因组分类Metagenome
PRJNA1314973: Age and disease-stratified of human plasma virome

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1314973:年龄与疾病分层的人血浆病毒组

该数据集来自 NCBI,聚焦人血浆病毒组与免疫标志物,覆盖 0-16 岁年轻队列和 63-100 岁老年队列。老年队列血样于 2023 年 3 月至 7 月在泰州第四人民医院采集,年轻队列样本于 2024 年 8 月至 11 月在上海儿童医院采集。研究分离血浆与血清,检测血清 HERV-K 包膜蛋白水平,并对血浆样本去除游离核酸后提取总 DNA 和 RNA,经逆转录、扩增、建库,在 Illumina NovaSeq 平台进行高深度双端测序。病毒 reads 经组装、质控和注释,形成跨年龄组的循环血液病毒数据集,可用于病毒组组成及相关研究(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):本研究表征了年轻(0-16 岁)和老年(63-100 岁)队列中人血浆病毒组和免疫标志物。老年队列的血样于 2023 年 3 月至 7 月在泰州第四人民医院采集,年轻队列的样本于 2024 年 8 月至 11 月在上海儿童医院采集。分离血浆和血清组分,血清用于测量 HERV-K 包膜蛋白水平。血浆样本经处理去除游离核酸,提取总 DNA 和 RNA,进行逆转录和扩增。制备宏基因组文库并在 Illumina NovaSeq 平台上测序,产生高深度双端 reads。对病毒 reads 进行组装、质量检查和注释,生成代表跨年龄组循环血液病毒的数据集,为研究病毒组组成提供资源。

【主题与分类】

主题标签:Metagenome。本站分类:免疫系统疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1314973

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究描述了年轻(0-16岁)和老年(63-100岁)队列中人血浆病毒组和免疫标志物的特征。老年队列的血样于2023年3月至7月在台州市第四人民医院采集,年轻队列的样本于2024年8月至11月在上海儿童医院采集。分离血浆和血清组分,血清用于测定HERV-K包膜蛋白水平。血浆样本经处理去除游离核酸,提取总DNA和RNA,进行逆转录和扩增。制备宏基因组文库并在Illumina NovaSeq平台上测序,以生成高深度双端读长。对病毒读长进行组装、质量检查和注释,生成代表不同年龄组循环血液病毒的数据集,为研究病毒组组成及其与免疫标志物和年龄相关状况的关联提供资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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