PRJNA1251538：单细胞转录组与m6A甲基化分析揭示脓毒症中血小板介导的免疫调控机制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1251538

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数据说明

脓毒症是一种危及生命的综合征，以宿主对感染反应失调和全身性炎症为特征，具有高度异质性和复杂的免疫病理学。免疫失衡在其进展中起核心作用。近年来，血小板的免疫调节功能日益受到关注，揭示了其超越经典止血和血栓形成功能的作用。同时，N6-甲基腺苷（m6A）——真核mRNA中最普遍的内修饰——已被认为参与免疫反应和细胞命运决定的调控。然而，其在脓毒症中的作用仍知之甚少。在本研究中，我们整合了来自GSE167363数据集的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与脓毒症患者外周血单个核细胞（PBMCs）的m6A甲基化组图谱。随后，对健康对照、存活者和非存活者的免疫细胞组成、发育轨迹、细胞间通讯和表观遗传修饰进行了全面分析。

我们的研究结果显示，在脓毒症进展过程中，血小板逐渐富集，同时B细胞、T细胞和调节性T细胞（Tregs）可能发生表型重编程，向血小板样特征转变。总体设计：本研究利用了公开可获取的单细胞RNA测序数据集GSE167363，该数据集包含10例革兰阴性脓毒症患者（存活组：n=6；非存活组：n=4）和2例健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMC）样本。此外，我们还使用了从天津医科大学总医院急诊医学科招募的六例脓毒症患者（存活组：n=3；非存活组：n=3）的PBMCs进行m6A甲基化测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。