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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

PRJNA1194131：老年HIV感染者表观遗传衰老的性别差异

PRJNA1194131 数据集聚焦于老年 HIV 感染者的表观遗传衰老性别差异研究，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集对 HIV 感染者全血样本开展全基因组 DNA 甲基化谱分析，采用 Illumina MethylationEPIC Beadchip 对亚硫酸氢盐转化后的 DNA 进行检测。研究背景在于 HIV-1 感染会影响生物学衰老，表观遗传时钟可揭示 HIV 感染者中存在的表观遗传年龄加速现象；尽管已有证据表明临床、免疫学和病毒学指标存在性别差异，但女性在多数 HIV 表观遗传研究中代表性不足。因此，该数据集旨在构建更具代表性的表观遗传数据资源，用以考察表观遗传衰老的性别差异及其与临床表型的关系。数据集在站内归类为免疫系统疾病 / 其他，主题标签为表观基因组学。

【数据集背景】

HIV-1 感染对生物学衰老产生影响，表观遗传时钟相关研究提示 HIV 感染者存在表观遗传年龄加速。与此同时，临床、免疫学和病毒学指标中已观察到性别差异，但女性在大多数 HIV 表观遗传研究中代表性不足。为弥补这一不足，该研究生成了更具代表性的表观遗传数据集，用于考察老年 HIV 感染者表观遗传衰老的性别差异及其与临床表型的关系。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 HIV 感染者全血样本的全基因组 DNA 甲基化谱。检测对象为亚硫酸氢盐转化后的全血 DNA，检测平台为 Illumina MethylationEPIC Beadchip。数据集主题属于表观基因组学，站内分类为免疫系统疾病 / 其他。源站未提供样本数量、甲基化位点数量、临床变量清单等更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本类型为 HIV 感染者的全血样本，实验流程包括对全血 DNA 进行亚硫酸氢盐转化，并将转化后的 DNA 杂交至 Illumina MethylationEPIC Beadchip 以获取全基因组 DNA 甲基化谱。源站未提供采样地点、采样时间、队列构成及伦理审批等具体采集信息。

【适用场景】

该数据集适用于研究老年 HIV 感染者表观遗传衰老的性别差异，分析表观遗传年龄加速现象，并探索 DNA 甲基化特征与临床表型之间的关系。其全基因组 DNA 甲基化谱也可用于表观遗传时钟相关的方法学比较与验证。由于主题标签为表观基因组学，该数据适合表观遗传学、免疫系统疾病及 HIV 相关生物学衰老研究方向使用。源站未提供其他具体适用场景说明。

【使用方法】

使用该数据集时，可基于 Illumina MethylationEPIC Beadchip 产生的全基因组 DNA 甲基化谱开展下游分析，例如表观遗传年龄评估及性别差异比较。源站未提供数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析代码或质量控制参数等具体使用说明。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估指标、批次信息、缺失值情况或技术验证结果。已知的限制背景是：女性在既往 HIV 表观遗传研究中代表性不足，该数据集正是为改善代表性而生成；但源站未提供该数据集自身的样本量、性别构成比例及统计效力等具体限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE283506

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1194131

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV感染者血液样本的全基因组DNA甲基化谱分析 HIV-1感染影响生物学衰老，表观遗传时钟突显了HIV感染者表观遗传年龄的加速。尽管有证据表明在临床、免疫学和病毒学指标上存在性别差异，但女性在大多数HIV表观遗传研究中代表性不足。因此，我们生成了一个更具代表性的表观遗传数据集，以检查表观遗传衰老中的性别差异及其与临床表型的关系。总体设计：将全血中经亚硫酸氢盐转化的DNA与Illumina MethylationEPIC Beadchip进行杂交

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别