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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

登革热感染者PBMC单细胞转录组与免疫受体分析

PRJEB94113 数据集聚焦于登革病毒感染人群的免疫应答研究，整合了外周血单核细胞（PBMC）的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据与免疫受体（TCR/BCR）谱分析结果。样本来自感染登革病毒（DENV）且呈现不同临床严重程度的个体，涵盖无症状登革热（AD）、登革热（DF）与登革出血热（DHF）三类表现。部分样本在急性期采集，部分还包含恢复期样本。该数据集为比较不同疾病严重程度下保护性免疫应答与致病性免疫应答之间的差异提供了数据资源，属于免疫系统疾病领域的单细胞层面研究资料，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

登革病毒感染在临床上可表现为从无症状到登革热、再到登革出血热等不同严重程度的谱系。理解为何部分感染者表现为无症状或轻症、而另一些个体进展为重症，是登革热免疫学研究的核心问题之一。外周血单核细胞包含多种参与抗病毒免疫的细胞类型，结合单细胞转录组与免疫受体谱分析，有助于在单细胞分辨率下观察不同严重程度个体的免疫细胞组成、转录状态以及 TCR/BCR 受体特征。该数据集正是在这一背景下产生，旨在为解析登革感染中保护性免疫与致病性免疫的差异提供资源。

【数据内容】

该数据集包含两类核心数据：一是外周血单核细胞（PBMC）的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据；二是免疫受体（TCR/BCR）谱分析数据。样本覆盖三种临床严重程度分组，即无症状登革热（AD）、登革热（DF）和登革出血热（DHF）。采样时间方面，PBMC 于急性期采集，部分病例还包含恢复期样本。数据主题标签为 Other。除上述内容外，源站未提供关于样本数量、测序平台、细胞数量、受体链类型分布等更细粒度的信息。

【采集与来源】

数据来源于感染登革病毒（DENV）的个体，生物样本为外周血单核细胞（PBMC）。样本按临床严重程度分为无症状登革热、登革热与登革出血热三组，采集时间点包括急性期，部分个体还包括恢复期。数据来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。关于采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息以及具体入组标准，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于登革病毒感染免疫学相关研究，例如比较不同临床严重程度个体在急性期与恢复期的 PBMC 单细胞转录组特征，分析免疫细胞亚群的组成与状态差异，以及结合 TCR/BCR 谱信息考察适应性免疫受体的克隆特征。也可用于探索与无症状感染、轻症和重症相关的免疫应答模式，为理解保护性免疫与致病性免疫的差异提供数据基础。具体分析方向需结合数据实际内容确定，源站未提供预设的分析场景或应用案例。

【使用方法】

该数据集可通过来源站点 ncbi.nlm.nih.gov 获取。使用时需按照单细胞转录组与免疫受体谱数据的常规处理流程进行质控、比对、细胞聚类与注释，并结合临床严重程度分组与采样时间点开展比较分析。关于数据文件格式、下载方式、是否提供预处理矩阵或原始测序数据、以及配套的分析代码，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集覆盖三种临床严重程度并包含部分恢复期样本，为跨严重程度与跨时间点的比较提供了条件。但源站未提供样本量、测序深度、细胞存活率、批次信息以及数据质控指标等质量相关细节，因此无法对数据质量作出具体评价。此外，源站未提供临床元数据的完整程度、随访信息以及数据可能存在的技术偏倚说明，使用时应结合原始数据自行评估。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议与使用限制，源站未提供。使用前应查阅来源站点的相关说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB94113

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB94113

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含对登革病毒（DENV）感染者外周血单核细胞（PBMCs）进行的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫受体（TCR/BCR）分析，感染者表现出不同的临床严重程度：无症状登革热（AD）、登革热（DF）和登革出血热（DHF）。PBMCs采集于急性期，部分病例也采集于恢复期。该数据为了解登革热感染中保护性免疫应答与致病性免疫应答提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别