基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

脓毒症与脓毒性休克纵向血液转录组免疫动态

PRJEB111201 是一个以纵向血液转录组分析为核心的生物项目数据集，其英文标题为“Longitudinal blood transcriptome profiling reveals immune dynamics in sepsis and septic shock”。该数据集聚焦于脓毒症与脓毒性休克患者，通过纵向采集血液样本并开展转录组层面的分析，旨在揭示这类危重感染状态下免疫系统的动态变化。数据集来源于 NCBI BioProject，源站标题标注为“Sepsis_longitudinal_blood_RNAseq_KU (ID 1485695) - BioProject - NCBI”，本站将其归入免疫系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Other。整体而言，该数据集为研究脓毒症及脓毒性休克过程中免疫应答的时间演变提供了转录组层面的项目入口与数据关联信息。

【数据集背景】

脓毒症与脓毒性休克是临床中高度异质且危及生命的综合征，其发生发展涉及复杂的免疫紊乱。传统上，对这类疾病的研究多依赖横断面采样，难以捕捉免疫状态随时间推移的动态轨迹。PRJEB111201 所对应的 BioProject 以纵向血液转录组分析为切入点，试图在多个时间点观察患者血液中基因表达的变化，从而刻画免疫系统在疾病进程中的动态特征。该项目的英文标题直接点明了这一目标，即通过纵向血液转录组分析揭示脓毒症与脓毒性休克中的免疫动态。本站分类将其置于免疫系统疾病 / 其他类别，主题标签为 Other，反映了该数据集在疾病分类体系中的归属。

【数据内容】

该数据集的核心内容围绕纵向血液转录组展开。根据源站标题，其涉及血液 RNAseq 数据，项目编号为 PRJEB111201，BioProject ID 为 1485695。纵向设计意味着同一患者可能在多个时间点被采样，进而获得随时间变化的转录组图谱。此类数据可用于观察免疫相关基因表达在脓毒症与脓毒性休克病程中的起伏。不过，关于样本数量、时间点设置、测序平台、读长、基因覆盖度等具体技术参数，源站未提供。数据集的主题标签为 Other，本站分类为免疫系统疾病 / 其他，这些分类信息有助于在检索时定位到该资源。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一单一研究计划相关的生物学数据。一个 BioProject 记录可以来自单一机构或联盟，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 记录本身并不一定包含所有原始数据，而是提供指向不同数据类型的链接。因此，PRJEB111201 作为一项 BioProject，其价值在于将脓毒症与脓毒性休克纵向血液转录组研究相关的数据资源聚合在一起。关于具体采样机构、伦理审批、患者纳入标准等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫系统疾病特别是脓毒症与脓毒性休克相关的研究场景。纵向血液转录组数据可用于探索免疫动态变化，例如比较不同疾病阶段或不同严重程度患者的基因表达模式。研究人员可能利用此类数据寻找与免疫应答、炎症反应或免疫抑制相关的候选生物标志物，或用于构建疾病进程的分子分型。此外，该数据集也可作为转录组分析方法、纵向数据建模或时间序列分析的方法学测试资源。由于本站分类为免疫系统疾病 / 其他，它也可能服务于更广泛的免疫相关研究。但具体适用场景需结合源站提供的实际数据内容判断，源站未提供详细说明。

【使用方法】

使用该数据集时，用户可通过 NCBI BioProject 记录入口访问。BioProject 记录通常提供指向项目相关数据类型的链接，用户可据此定位到具体的转录组数据或其他关联资源。由于该数据集为纵向血液 RNAseq 项目，使用者可能需要具备转录组数据分析的基本能力，包括序列比对、表达定量、差异表达分析以及纵向数据的时间序列建模等。若需获取原始测序数据或处理后的表达矩阵，应依据 BioProject 记录中的链接进一步查找。关于数据下载方式、文件格式、分析流程等具体操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 BioProject 框架组织，其质量取决于原始研究的数据生成与提交过程。纵向设计有助于减少个体间差异带来的混杂，但可能面临样本脱落、时间点不均衡等常见问题。由于源站未提供样本量、测序深度、质量控制指标、批次效应处理等信息，无法对数据质量进行具体评估。此外，BioProject 记录本身主要是项目层面的元数据集合，不一定包含完整的分析结果或临床注释。使用者应注意，该数据集的主题标签为 Other，本站分类为免疫系统疾病 / 其他，分类粒度较粗，可能影响检索精度。关于数据的具体限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用要求，通常需引用项目编号 PRJEB111201 或 BioProject ID 1485695。许可信息方面，源站未提供该数据集的具体使用许可或数据共享协议。用户在使用前应查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据提交机构发布的条款，以确认数据使用、再分发和发表的合规要求。由于源站未提供明确的许可声明，建议直接访问来源站获取最新信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB111201

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB111201

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究利用连续RNA测序，刻画了脓毒症与脓毒性休克患者全血转录组的纵向动态变化。研究在韩国大学安山医院（IRB编号2024AS0030）纳入11例成人患者（5例脓毒症，6例脓毒性休克）和4例健康对照。于入院第1天（HD#1）、第3天（HD#3）和第7天（HD#7）使用PAXgene管采集全血。提取总RNA，使用TruSeq Stranded Total RNA Library Prep with Globin试剂盒去除核糖体RNA和珠蛋白RNA，并在Illumina NovaSeq X Plus平台上进行双端测序（2×100 bp）。转录组分析鉴定出一种由中性粒细胞驱动的基因表达特征，反映了早期高炎症反应，可追踪疾病严重程度和时间进展，并在多个外部队列中预测28天死亡率。该数据集包含35份纵向血液转录组样本及70个双端FASTQ文件。本研究由韩国国家研究基金会（NRF）资助项目RS-2025-00563782和RS-2023-00220894支持。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别