盐度驱动下的河口弧菌法国亚种及其宿主长牡蛎血细胞感染应答RNA-seq数据集（2023—2024）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB106886

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

盐度在弧菌病的发展中起着关键作用，盐度下降后会导致牡蛎死亡率升高。本研究探讨了盐度对细菌性病原体Vibrio aestuarianus subsp. francensis以及太平洋牡蛎Magallana gigas宿主免疫反应的影响。研究生成了两个互补的RNA-seq数据集，以捕获病原体和宿主水平上由盐度驱动的转录反应。第一个数据集（EpiVib-salinity，2023）由V. aestuarianus subsp. francensis菌株12/016在对比盐度条件（15、22、34、40 g/L）下于富营养培养基中培养的转录组组成，采样于指数生长后期，为细菌对盐度的生理和调控反应提供了见解。总RNA在指数生长后期提取，使用NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit去除rRNA后，在Illumina NextSeq 550平台（BioEnvironnement，佩皮尼昂）上进行单端读长（75 bp）测序。第二个数据集（GoodVibe，2024）包含M. gigas血细胞的RNA-seq图谱，这些牡蛎通过与V. aestuarianus subsp.共养而受到感染。

随后暴露于三种盐度水平（15、30和40 psu），从而能够在感染背景下表征盐度变化期间的宿主免疫反应。牡蛎批次于2022年在法国La Tremblade的Ifremer设施中生产，属于M. gigas的两个全同胞家系，命名为REF20和REF22，这两个家系因其对Vibrio aestuarianus感染的 contrasting 易感性而被选育。从牡蛎血淋巴中提取总RNA，通过oligo(dT)选择富集mRNA，并在Illumina NovaSeq平台（Integragen，Evry）上进行双端测序（2 x 150 bp）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。