干燥综合征患者与健康对照唾液宏基因组图谱

该数据集来自 NCBI,聚焦干燥综合征这一累及外分泌腺的慢性自身免疫病,采用鸟枪法宏基因组测序分析唾液样本,包含 88 名女性干燥综合征患者与 56 名健康女性对照

sra
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基因组分类Other
PRJEB106071: Salivary metagenome profiling of Sjögren's syndrome patients and healthy controls

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

干燥综合征患者与健康对照唾液宏基因组图谱

该数据集英文名为 PRJEB106071: Salivary metagenome profiling of Sjögren's syndrome patients and healthy controls,来源于 NCBI,属于免疫系统疾病 / 其他分类。它聚焦干燥综合征这一累及外分泌腺的慢性自身免疫病,采用鸟枪法宏基因组测序分析唾液样本,包含 88 名女性干燥综合征患者与 56 名健康女性对照。研究旨在通过对口腔微生物组的全面分类和功能分析,识别与该自身免疫状况相关的微生物失调模式,为理解干燥综合征与唾液微生物之间的关系提供数据基础。

【数据集背景】

干燥综合征是一种慢性自身免疫病,主要影响外分泌腺。该数据集围绕这一疾病背景,关注唾液微生物组在患者与健康人群之间的差异。通过鸟枪法宏基因组测序,研究试图从口腔微生物群落的角度,探索干燥综合征可能伴随的微生物失调现象。这一方向有助于将自身免疫病的微生态特征纳入研究视野。

【数据内容】

数据集提供唾液样本的宏基因组测序数据,涵盖分类学和功能层面的微生物组分析。样本包括 88 名女性干燥综合征患者和 56 名健康女性对照。其核心内容是唾液微生物组的全面分类与功能谱,用于识别与干燥综合征相关的微生物失调模式。主题标签为 Other。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本类型为唾液,研究对象为女性,包括干燥综合征患者与健康对照。测序策略为鸟枪法宏基因组测序。其他采集时间、地点、具体流程等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于口腔微生物组与自身免疫病关联研究,尤其是干燥综合征相关的微生物失调分析。可用于比较患者与健康对照在唾液微生物分类和功能层面的差异,也可作为口腔微生态研究的参考数据。具体应用方向需结合研究设计确定,源站未提供更多限定。

【使用方法】

源站未提供具体使用方法。通常此类宏基因组数据可用于分类注释、功能注释和差异分析,但本数据集的实际使用方式需参考源站说明。源站未提供相关流程或工具建议。

【质量与限制】

源站未提供质量评估与限制说明。已知样本仅包含女性,可能限制结论向男性人群推广;样本量为 88 例患者与 56 例对照。其他质量指标、批次信息、测序深度等源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用与许可信息。使用时应遵循 NCBI 及相关数据库的通用要求,具体许可与引用方式需查阅源站。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB106071

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了干燥综合征中的唾液微生物组,干燥综合征是一种影响外分泌腺的慢性自身免疫性疾病。我们采用鸟枪法宏基因组测序,分析了88名女性干燥综合征患者和56名健康女性对照者的唾液样本。该数据集提供了口腔微生物组的全面分类和功能分析,以识别与这种自身免疫性疾病相关的微生物失调模式。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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