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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB104528：印度牛全基因组测序研究块状皮肤病易感性遗传特征

PRJEB104528 是一个聚焦于印度牛全基因组测序的 BioProject 项目，其核心研究目标是探究不同品种的牛对块状皮肤病（Lumpy Skin Disease）易感性差异背后的遗传特征。该项目通过全基因组测序手段，试图从基因组层面揭示与疾病易感性相关的品种特异性遗传信号。项目归类于免疫系统疾病及其他相关领域，数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。整体而言，该数据集为研究牛品种遗传背景与块状皮肤病易感性之间的关系提供了基因组学层面的基础数据资源，有助于理解宿主遗传因素在疾病抵抗或易感中的作用。

【数据集背景】

块状皮肤病是一种影响牛的疾病，不同品种的牛对其易感性存在差异。为探究这种差异背后的遗传基础，研究者发起了本项目，对印度牛进行全基因组测序。项目旨在通过比较不同品种的基因组信息，识别与易感性变化相关的遗传特征。该 BioProject 记录作为一个统一入口，汇集了与这一研究计划相关的多种数据类型。

【数据内容】

该数据集的核心内容是印度牛的全基因组测序数据。这些数据用于分析不同品种牛在基因组层面的变异，以寻找与块状皮肤病易感性差异相关的遗传信号。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供指向该项目所产生的各类数据资源的链接，方便用户从单一位置获取相关数据。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJEB104528。源站标题为“Unravelling breed signatures behind variable susce... (ID 1485249) - BioProject - NCBI”。BioProject 是由单一组织或联盟发起的、与某一研究计划相关的生物数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一位置。本站分类将其归入免疫系统疾病及其他类别，主题标签为“Other”。

【适用场景】

该数据集适用于研究牛品种遗传差异与疾病易感性之间关系的场景，特别是针对块状皮肤病的宿主遗传因素分析。也可用于比较基因组学、品种特异性遗传标记的挖掘，以及免疫相关基因的群体遗传学研究。对于关注印度牛品种资源及其抗病遗传基础的科研人员，该数据具有参考价值。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问 PRJEB104528 记录，利用该记录提供的链接获取项目相关的各类数据。具体的数据下载、分析流程及工具选择需依据源站提供的指引进行操作。源站未提供详细的使用步骤或分析协议。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、覆盖度、样本数量或测序深度的具体信息。该 BioProject 记录主要作为数据资源的索引，不包含对数据质量的直接评价。使用时应参考原始数据来源的具体说明。源站未提供相关限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用格式或许可条款信息。使用该数据集时，应遵循 NCBI 及原始数据提供方的相关政策和要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB104528

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB104528

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

牛结节性皮肤病是一种对牛具有重要经济意义的病毒感染，在印度各地反复暴发。尽管该病原体已被深入研究，但导致宿主对LSD易感性和抵抗力差异的遗传因素仍知之甚少。为生成高质量的基因组资源，以支持对疾病结局宿主决定因素的研究，我们对印度牛进行了全基因组测序，这些牛代表了牛群中田间暴发期间临床感染、康复和表面健康的动物。该数据集包括从多个本土品种（包括Gir、Tharparkar和Sahiwal牛）生成的短读长双端全基因组序列。在田间暴发条件下采集外周血样本，提取基因组DNA，并使用Illumina平台进行高深度测序。该数据集为分析与疾病易感性相关的SNP变异、结构变异和免疫通路相关多态性提供了全面的基因组资源。

本研究的目的是构建一个基因组数据集，以支持对印度牛疾病抗性遗传学、先天免疫反应、宿主-病毒相互作用途径及群体基因组学的研究。这些数据已被用于识别关键免疫基因中的变异，并探索与LSD感染差异反应相关的群体结构和品种特异性基因组特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别