PRJDB43345:诱饵受体3在盲肠结扎穿刺诱导脓毒症中的抑制机制(PRJCA025020)

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,围绕脂多糖与盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型,在术后给予 DcR3 处理并通过转录组测序探索其分子机制

sra
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基因组分类Other
PRJDB43345: Inhibitory Mechanisms of Decoy Receptor 3 in Cecal Ligation and Puncture-induced Sepsis (PRJCA025020)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

PRJDB43345:诱饵受体3在盲肠结扎穿刺诱导脓毒症中的抑制机制(PRJCA025020)

PRJDB43345(PRJCA025020)是一项围绕脓毒症免疫调控机制的研究数据集,主题为“Decoy Receptor 3 在盲肠结扎穿刺诱导脓毒症中的抑制机制”。该研究在脂多糖与盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型中开展术后 DcR3 处理,并借助转录组测序探索其潜在的分子机制。研究结果显示,DcR3 在体外能够抑制持续性的过度炎症反应,改善生存情况,降低促炎细胞因子水平,改变循环免疫细胞组成,调节肠道菌群,并诱导短链脂肪酸合成。该数据集归属于免疫系统疾病/其他类别,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,主题标签为 Other,可为脓毒症炎症调控与 DcR3 相关机制研究提供转录组层面的数据基础。

【数据集背景】

脓毒症是宿主对感染反应失调所导致的危及生命的器官功能障碍,其发生发展涉及过度炎症反应、免疫细胞组成改变以及肠道微生态失衡等多方面因素。盲肠结扎穿刺(CLP)是诱导脓毒症常用的动物模型方法,结合脂多糖刺激可模拟感染相关的炎症状态。DcR3(Decoy Receptor 3)作为一种诱骗受体,其在脓毒症中的抑制作用与分子机制是本数据集关注的核心问题。该研究通过术后给予 DcR3 处理,并在小鼠模型中结合转录组测序手段,系统探索 DcR3 发挥抑制作用的潜在分子通路,从而为理解脓毒症炎症调控机制提供线索。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对脂多糖与盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型,在术后进行 DcR3 处理后所获得的转录组测序数据,用于探索其分子机制。根据源站描述,研究涉及的表型与分子层面结果包括:DcR3 在体外抑制持续性的过度炎症反应、改善生存、降低促炎细胞因子水平、改变循环免疫细胞组成、调节肠道菌群以及诱导短链脂肪酸合成。数据集的具体样本数量、测序平台、数据文件格式与规模等信息源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为“PRJDB43345: Inhibitory Mechanisms of Decoy Receptor 3 in Cecal Ligation and Puncture-induced Sepsis (PRJCA025020)”。研究采用脂多糖与盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型,在术后实施 DcR3 处理,并通过转录组测序获取数据以探索分子机制。除上述来源与模型信息外,采样时间点、样本分组细节、测序机构与具体实验流程等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脓毒症相关炎症机制研究,尤其是围绕 DcR3 在盲肠结扎穿刺诱导脓毒症模型中抑制作用的研究场景。可用于分析术后 DcR3 处理对转录组水平的影响,辅助探索过度炎症反应、促炎细胞因子、循环免疫细胞组成、肠道菌群调节及短链脂肪酸合成等相关机制。也可作为免疫系统疾病领域转录组数据资源,用于方法比较、机制假设生成或与其他脓毒症模型数据的对照参考。具体分析用途需结合源站提供的原始信息确定。

【使用方法】

该数据集可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取,具体下载方式、数据组织结构和文件说明应参照源站提供的指引。使用时应结合脂多糖与盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型背景以及术后 DcR3 处理的实验设计理解数据。由于样本分组、测序平台与数据处理流程等信息源站未提供,使用前需查阅源站相应记录以确认分析条件。源站未提供其他使用方法说明。

【质量与限制】

该数据集基于小鼠模型与转录组测序,研究结论涉及体外与体内多个层面的表型观察。其局限性在于物种为小鼠,结果外推到人类临床需谨慎;同时,样本量、测序深度、重复设置与统计方法等质量相关信息源站未提供,无法据此评估数据的具体质量水平。此外,数据仅覆盖转录组层面,其他组学或功能验证信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可条款源站未提供,使用时应遵循 ncbi.nlm.nih.gov 的相关政策与数据提供方的要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB43345

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在脂多糖和盲肠结扎穿刺(CLP)诱导的脓毒症小鼠模型中进行了术后DcR3治疗,并通过转录组测序探讨了其潜在分子机制。DcR3在体外抑制了持续过度的炎症反应,提高了生存率,降低了促炎细胞因子水平,改变了循环免疫细胞组成,调节了肠道菌群,并诱导了短链脂肪酸的合成。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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