感染性心内膜炎金黄色葡萄球菌NGS与细胞培养表征

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04257292

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：感染性心内膜炎，葡萄球菌感染。金黄色葡萄球菌能够造成大规模的瓣膜破坏以及脓肿形成，并能在急性感染与慢性感染之间相互转换，这在感染性心内膜炎的现代治疗中是一个重大问题。此外，其产生不同毒力因子以逃避免疫防御机制的能力使治疗更加困难。另一个难题是从血培养样本和感染瓣膜样本中分离出的金黄色葡萄球菌菌株存在差异。这使得基于金黄色葡萄球菌的心内膜炎的可能治疗比预期更为困难。从血培养样本中分离细菌可能需要很长时间（3-14天），而基于细胞培养的检测方法（CCBA）并未作为诊断程序常规实施。由于耗时且成本高昂，CCBA在临床环境中并未常规使用。CCBA方法的意义在于确定可能的毒力因子。

利用下一代测序（NGS）方法，可能更快地获取关于致病微生物的这些信息，并鉴定不同的菌株和毒力因子。迄今为止，尚未开展通过NGS获得的毒力因子遗传信息与基于细胞培养试验获得的表型信息之间的此类关联研究。如果得到证实，基于NGS的病原体分析及其表型行为可指导抗菌治疗并实现个体化治疗。将使用NGS和CCBA对血培养和感染组织瓣膜样本进行检测。研究者旨在比较这两种方法在毒力因子结果上的差异，表征血培养和瓣膜样本中金黄色葡萄球菌不同菌株的流行情况，评估基于NGS诊断感染性心内膜炎（IE）的可能潜力，并比较NGS指导的抗菌治疗与标准治疗的效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。