脑膜炎脑炎：基于宏基因组学的病因与流行病学研究

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04724876

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病情况：中枢神经系统感染与炎症。自身免疫性脑炎（AE）是由患者自身免疫抗体介导的异常免疫反应所致，可通过一系列自身免疫抗体检测发现[4,5,6,7]。目前，传统的感染诊断主要依赖微生物培养法，其具有周期长、成本高、检出率低及检测过程复杂的特点。约30-60%的脑炎病因不明[2,3]。另一方面，非感染性脑炎的诊断与分类主要依赖自身免疫抗体检测，诊断与鉴别诊断范围有限，且自身免疫性脑炎与感染因素之间的关系仍不明确。宏基因组测序（mNGS）是一种不依赖微生物培养、能直接检测病原核酸的新方法，具有快速、准确、高通量、对不同病原体检测无偏好性，并能同时检测已知与未知病原体的特点。如今，mNGS在病原体检测领域得到广泛应用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。