分离程序与储存条件对人外周效应/记忆T辅助淋巴细胞离体基因表达模式的影响

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-54247

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

离体分离细胞的基因表达谱分析是评估体内基因表达的一种独特工具。以人外周血CD4+CD45RO+效应/记忆性辅助性T淋巴细胞（T E/M）为例，我们分析了不同分离程序和储存条件所引入的偏倚。来自临床样本的细胞可通过流式细胞分选仪分选至高度纯度，并评估其基因表达模式，但储存/运输条件以及由于初始细胞群体频率较低而常常必需的预富集，存在引入人为改变的风险。为检测不同程序所引入的改变，细胞通过以下方式富集：使用全血CD4磁珠的磁性细胞分选（MACS）、密度梯度离心（单独或与CD3 MACS联合），或先裂解红细胞，随后在荧光激活细胞分选（FACS）前通过MACS去除CD15+细胞，以获取CD3+CD4+CD45RO+细胞。共比较了7种不同方案，并将它们彼此之间以及与分离后用佛波醇-12-肉豆蔻酸酯-13-乙酸酯和离子霉素（PMA/Iono）刺激3小时的T细胞进行了比较。

在一项实验方案中，通过加入2 μg/ml放线菌素D（ActD）阻断了制备诱导的从头转录。为检测样本制备延迟所引入的变化，我们采集血液样本，或直接处理，或在4°C或室温（RT）下保存2或6小时后再分离T E/M细胞。我们将不同细胞制备物之间的基因表达进行了比较，并与从室温保存1天的血沉棕黄层组分中分离的T E/M细胞进行了比较。分选后的细胞在TRIzol（Invitrogen）中裂解，并于-80°C冻存直至用于RNA提取。使用miRNeasy试剂盒（Qiagen）提取总RNA。使用Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent，Waldbronn，德国）和NanoDrop ND-1000分光光度计（NanoDrop Technologies，Wilmington，D

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。