IFNa与IL4树突状细胞经微生物组分刺激6小时

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44719

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管已知树突状细胞（DCs）在疫苗接种过程中发挥主要作用，但疫苗在人体中诱导保护性免疫的机制仍不清楚。在此，我们利用基因微阵列技术，对体外培养的人单核细胞衍生树突状细胞（moDCs）在响应流感H1N1布里斯班株、肠道沙门氏菌和金黄色葡萄球菌时随时间诱导的转录程序进行了表征。我们构建了一个数据驱动的模块化分析框架，聚焦于204个病原体诱导的基因簇。这些模块的表达针对16种明确配体进行了分析，这些配体靶向TLRs、细胞质PAMP受体和细胞因子受体。这一多维框架涵盖了抗原呈递细胞（APC）的主要生物学功能，包括IFN反应、炎症、DC成熟、T细胞激活、抗原加工、细胞运动和组蛋白调控。该框架被用于表征单核细胞和moDCs对14种市售疫苗的响应。

这些疫苗在单核细胞和树突状细胞中显示出定量和定性上不同的模块化特征，尤其是Fluzone和Pneumovax，突显了抗原提呈细胞亚群之间的功能和表型差异。该模块化框架使得能够应用系统免疫学方法来研究人类抗原提呈细胞亚群对病原体和疫苗的早期转录变化，这可能指导改进疫苗的开发。38份IFNa DC样本和39份IL4 DC样本，分别经CL097、CpG 2006、CpG 2216、鞭毛蛋白、IFNa、IL10、IL15、IL1b、LPS、MDP、PAM3、Poly I:C、Poly I:C-LMW-Lyovec、R837或TNFa刺激

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。