人类单核细胞分化中的HiC测序（3D-MO）
该数据集来自omicsdi.org，包含人类单核细胞、单核细胞来源树突状细胞以及经靶向CTCF或RAD21的siRNA处理的单核细胞来源细胞的in situ HiC-seq数据，共42个样本
基本信息
资源简介
人类单核细胞分化中的HiC测序（3D-MO）
该数据集为人类单核细胞分化过程中的原位HiC测序数据，英文名称为HiC-sequencing in human monocyte differentiation (3D-MO)，来源站为omicsdi.org，在分类上归属于免疫系统疾病/其他，主题标签为Transcriptomics。数据集收录了来自人类单核细胞、单核细胞来源树突状细胞，以及经靶向CTCF或RAD21的siRNA处理的单核细胞来源细胞的原位HiC-seq数据，共计42个样本。整体而言，该数据集围绕单核细胞向树突状细胞等方向分化过程中的三维基因组构象展开，并通过siRNA干扰特定因子，为研究染色质空间组织在免疫细胞分化中的变化提供了测序数据基础。
【数据集背景】
单核细胞是人体免疫系统的重要组成部分，能够分化为树突状细胞等多种细胞类型，在免疫应答和免疫调节中发挥关键作用。细胞分化过程不仅涉及基因表达程序的改变，也与染色质三维构象的动态重塑密切相关。原位HiC-seq技术能够在全基因组范围内捕获染色质相互作用，从而揭示染色质拓扑结构、区室化以及环化等空间组织特征。该数据集正是在这一背景下，针对人类单核细胞及其分化来源细胞，结合CTCF或RAD21的siRNA处理，生成原位HiC-seq数据，以支持对免疫细胞分化过程中三维基因组组织变化的研究。该数据集在分类上归属于免疫系统疾病/其他，主题标签为Transcriptomics。
【数据内容】
该数据集包含原位HiC-seq数据，样本来源包括三类：人类单核细胞、单核细胞来源树突状细胞，以及经靶向CTCF或RAD21的siRNA处理的单核细胞来源细胞。数据集中样本总数为42个。原位HiC-seq数据可用于分析染色质相互作用，进而研究染色质三维结构在单核细胞分化及特定基因敲低条件下的变化。除上述信息外，源站未提供关于数据文件格式、分辨率、测序深度、数据量大小等更详细的内容。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。数据产生自人类单核细胞、单核细胞来源树突状细胞以及经siRNA处理的单核细胞来源细胞，采用原位HiC-seq方法进行测序。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、受试者信息以及实验操作细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究人类单核细胞分化过程中染色质三维构象的变化，尤其是单核细胞向树突状细胞分化时基因组空间组织的动态特征。同时，由于包含靶向CTCF或RAD21的siRNA处理样本，该数据集也可用于探讨CTCF或RAD21在维持或重塑染色质三维结构中的作用。此外，该数据集可服务于免疫系统疾病相关研究，以及转录组学与三维基因组学交叉领域的数据分析。关于更具体的适用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为原位HiC-seq数据，通常可用于染色质相互作用分析、三维基因组结构比较等研究。用户可根据自身研究目的，对单核细胞、单核细胞来源树突状细胞以及siRNA处理细胞之间的HiC-seq数据进行对比分析。关于数据下载方式、预处理流程、分析工具、参考基因组版本以及标准化方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集共包含42个样本，涵盖人类单核细胞、单核细胞来源树突状细胞以及经靶向CTCF或RAD21的siRNA处理的单核细胞来源细胞。关于数据质量评估指标、测序深度、重复性、批次效应、样本纳入排除标准以及潜在技术偏差等信息，源站未提供。使用者在解释结果时需结合自身分析流程进行判断。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制以及相关发表文献信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10848
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含来自人类单核细胞、单核细胞衍生的树突状细胞以及接受针对CTCF或RAD21的siRNA处理的单核细胞衍生细胞的原位HiC-seq数据。整个数据集共包括42个样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
