巨噬细胞转录组中TTP广泛结合但选择性靶mRNA去稳定化[PAR-iCLIP]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE63466

标准获取流程：

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数据说明

精确控制mRNA衰减是机体对病原体产生强健但不过度炎症反应的基础。决定整个炎症相关转录组内mRNA降解特异性和程度的参数仍未被完全理解。利用对mRNA去稳定蛋白TTP（一种主要的炎症限制因子）的全转录组高分辨率占据评估，我们在免疫刺激的巨噬细胞中定性和定量地表征了TTP结合位置，并将其与TTP依赖的mRNA衰减在功能上相关联。我们鉴定出广泛的TTP结合，其与mRNA去稳定的关联具有不完全外显性。TTP介导的mRNA去稳定的一个必要但不充分特征是结合至3‘非翻译区（UTR）。对活化巨噬细胞中mRNA稳定蛋白HuR结合位置的定位揭示，3’UTR中TTP和HuR的结合位点大多出现在不同的转录本中，暗示这两种蛋白对炎症mRNA的共调控有限。值得注意的是，我们鉴定出TTP对稳定转录本内含子的强健且广泛的结合。

核TTP与剪接去除的内含子相关，并在整个炎症反应过程中维持于细胞核内。我们的研究建立了结合位置的功能注释，这些位置决定了免疫刺激巨噬细胞中TTP依赖的mRNA衰变。这些发现使得能够在全转录组范围内导航控制炎症的RNA元件图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。