非人灵长类感染Lassa病毒后转录谱分析以理解免疫应答

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE41752

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

拉沙热病毒（LASV）是一种重要的人类病原体，在西非多个国家呈地方性流行。拉沙热感染在大量公共卫生病例中会导致出血热的发生，并且被视为一种潜在的生物武器。目前，对于调控LASV感染应答的复杂免疫机制，以及感染易感性和抵抗力的遗传决定因素，人们知之甚少。在本研究中，我们采用基于全基因组微阵列的方法，测定了感染LASV的非人灵长类（NHP）外周血单核细胞中宿主对感染的时间性应答。在整个疾病过程中的序贯采样显示，对LASV感染的免疫应答存在特定的转录特征，包括干扰素应答基因和Toll样受体信号通路的快速上调。然而，这种早期先天应答的增强伴随着LASV感染NHP中促炎细胞因子应答的缺失。IL1b和IL23a等细胞因子明显缺乏，而IL27和IL6等免疫抑制性细胞因子则上调。

比较拉沙病毒感染的NHP中细胞因子基因表达与可检测蛋白量发现，基因表达先于蛋白检测，因此可能是该疾病早期诊断的更佳工具。我们的研究结果全面展示了针对出血性拉沙病毒感染的免疫应答情况，并为通过分析宿主反应来实现拉沙病毒感染的临床诊断的生物标志物鉴定奠定了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。