GSE40156：转录图谱揭示老年apoe-/-小鼠动脉三级淋巴器官而非二级淋巴器官控制动脉粥样硬化T细胞免疫关键步骤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE40156

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

三级淋巴器官（TLOs）在非消退性炎症反应中形成，但其在适应性免疫中的作用仍不清楚。本研究通过探索动脉三级淋巴器官（ATLOs）来描绘衰老过程中apoe-/-小鼠的动脉粥样硬化T细胞反应。尽管T细胞库在衰老过程中表现出系统性的规模缩减以及亚型组成和活化状态的改变，但野生型（wt）和apoe-/-小鼠受到的影响相同。相比之下，ATLOs——而非野生型主动脉、无ATLOs的apoe-/-主动脉节段或动脉粥样硬化斑块——促进了T细胞募集，改变了T细胞运动特征，在原位致敏和印记T细胞，生成CD4+/FoxP3-、CD4+/FoxP3+、CD8+/FoxP3-效应细胞和中枢记忆细胞，并将初始CD4+/FoxP3- T细胞转化为诱导性Treg细胞。ATLOs还显示出由常规树突状细胞（DCs）和单核细胞来源DCs介导的抗原呈递能力显著增强，但浆细胞样DCs无此变化。因此，衰老免疫系统特异性地利用ATLOs来控制动脉粥样硬化中二分性的T细胞免疫反应。

我们构建了野生型（wt）和apoe-/-小鼠主动脉及主动脉引流肾淋巴结（RLNs）的转录组图谱，并确定ATLOs是衰老过程中动脉粥样硬化特异性T细胞应答的主要部位：基于激光捕获显微切割（LCM）的全基因组mRNA表达微阵列，构建了wt和apoe-/-腹主动脉及相关引流RLNs的转录组图谱，共获得6个图谱：wt外膜（组织-1）；wt RLN（组织-2）；apoe-/- ATLOs（组织-3）；apoe-/- RLN（组织-4）；无邻近斑块的apoe-/-外膜（组织-5）以及斑块（组织-6）。转录组图谱内的若干双组织比较值得注意：出乎意料的是，wt和apoe-/- RLNs的转录组几乎完全相同；额外数据显示，RLNs的转录组与不引流主动脉外膜的腹股沟淋巴结转录组惊人地相似（如手术印度墨汁注射实验所示）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。