GSE350314：破坏多尿嘧啶序列可大幅增强流感delVGs的免疫刺激特性

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE350314

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数据说明

非标准病毒基因组（nsVGs）是病毒群体中复制缺陷型基因组，其存在与增强的免疫应答相关。这种关联引起了人们对其作为潜在抗病毒药物、疫苗佐剂或通用免疫调节剂的兴趣。在甲型流感病毒（IAV）中，主要的nsVG是三个聚合酶片段之一的大片段缺失，由此产生含缺失的病毒基因组（delVGs）。我们课题组的工作发现，可以回收出能够刺激高水平干扰素的单个delVG，然而我们和其他人此前均未找到任何一致的手段来预测或改造这种刺激的决定因素。利用高通量遗传学方法，我们发现破坏IAV delVGs中多聚尿嘧啶束的特定突变可将干扰素产生提高多达两个数量级。此类变异体还可在经过工程改造以排除感染性病毒的人工系统中与改善的拯救相关联，并能极大地抑制复制 competent 病毒的生长。

这些发现表明，多尿嘧啶序列是源自IAV的免疫刺激性delVGs改进的一个关键且出乎意料的靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。