GSE346025：两个系统性硬化症家系中蛋白激酶D2（PRKD2）的激活型罕见变异

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数据说明

背景：系统性硬化症（SSc）是一种罕见的异质性自身免疫性疾病，以血管病变、免疫失调和纤维化为特征。虽然通常为散发性，但在罕见情况下SSc可呈现家族聚集性。基于家族的遗传学研究为识别和功能验证可能具有疾病易感效应的罕见高影响变异提供了机会。这些变异可能指向核心疾病机制和通路。方法：我们对六个家族进行了全外显子组测序（WES），每个家族中有两名一级亲属患有SSc。对变异进行过滤，保留满足以下条件的变异：（i）在家族内两名患病个体中共有；（ii）在一般人群中罕见；（iii）经计算机预测影响蛋白质功能。候选基因PRKD2中的变异通过CRISPR/Cas9-HDR生成的杂合敲入（KI）Jurkat（同基因人CD4）T细胞进行效应检测。野生型、乱序引导RNA（scRNA）靶向和PRKD2敲除（KO）细胞用作对照。

我们评估了PRKD2的（基础及T细胞受体刺激下的）自磷酸化、T细胞信号通路的激活以及T细胞活化标志物的细胞表面表达。为更全面地了解这些变异对T细胞的影响，我们进行了RNASeq，并与scRNA及KO对照进行比较。最后，我们对一个涵盖279例散发性SSc患者的泛比利时系列进行了WES，以评估PRKD2在SSc中相较于gnomAD人群对照的（变异水平及基因水平）罕见变异富集情况。结果：WES在六个SSc家系中共鉴定出253个具有罕见、疾病共分离、预测致病性变异的基因。其中，我们优先选择了PRKD2进行功能检测，该基因是仅在两个家系中分别鉴定出的三个基因之一。PRKD2编码细胞内丝氨酸/苏氨酸激酶蛋白激酶D2，尤其被描述为T细胞受体（TCR）信号放大器。在家族性中鉴定出的两个罕见错义变异均

数据加载示例（图像类）

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import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
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print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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