刚果锥虫变异表面糖蛋白基因表达不依赖单等位转录控制

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342023

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数据说明

抗原性变异是病原体逃避哺乳动物适应性免疫的一种非常普遍的过程，涉及暴露抗原的持续变化。在许多单细胞病原体中，抗原性变异期间的抗原表达是单等位基因的：一次仅在一个细胞中表达一个大型基因家族中的单个基因。在非洲锥虫中，抗原性变异依赖于变异表面糖蛋白（VSG）的表达，并且在布氏锥虫中，对于决定大约15个VSG表达位点中仅一个同时被活跃转录的机制已有详细理解。在密切相关的非洲锥虫——刚果锥虫中，它仍然是撒哈拉以南非洲农业生产力的一大祸害，我们对其VSG基因表达控制或动态尚无此类理解。在此，我们研究了刚果锥虫中抗原性变异的机制，首先在体外小寄生虫群体中检查了转录本和蛋白质水平上的VSG表达模式。令人惊讶的是，该分析揭示了比在T.中所见的大得多的VSG多样性。

布氏锥虫中，这种表达多样性在损害同源重组的突变体中保持不变。利用单细胞转录组学，我们解释了这种多样性，因为我们没有发现刚果锥虫VSG单等位基因转录的证据，而是表明每个寄生虫在体外和体内均可在单细胞中动态表达多达约40种不同的VSG。VSG共表达源自分布于整个基因组的VSG基因，表明缺乏专门的VSG转录位点。因此，比较两种依赖同一类表面抗原进行免疫逃逸的锥虫物种，揭示了控制抗原基因表达的截然不同的机制，挑战了非洲锥虫物种间抗原变异共同运作的假设。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。