急性危重COVID-19循环免疫细胞全基因组H3K4me3图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339365

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数据说明

重症COVID-19与类似脓毒症诱导的免疫麻痹的固有免疫失调相关。在脓毒症的免疫耐受和单核细胞功能障碍中，已观察到表观遗传机制，尤其是基因启动子区H3K4me3富集的变化。急性危重型COVID-19病程中是否发生类似的H3K4me3改变尚未被研究。在ICU组与非ICU组之间706个具有启动子关联的差异结合共有峰中，704个在ICU患者中显示H3K4me3占据增加，主要位于中性粒细胞效应基因位点，并得到中性粒细胞脱颗粒和固有免疫激活通路富集的支持。单核细胞HLA-DR表达和离体TLR刺激的IL-6分泌在ICU治疗第一周内持续降低。ICU组的纵向分析显示，从入院时干扰素驱动的染色质特征向第7天持续的固有免疫激活和ECM重塑转变。

本研究首次对急性危重型COVID-19期间循环免疫细胞进行了全基因组H3K4me3特征分析，表明表观遗传重编程是一个活跃且动态的过程，反映了在这些患者中观察到的功能性免疫失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。