细菌毒素感知诱导炎症小体依赖性先天免疫记忆改善脓毒症生存 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337610

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由细菌毒素疫苗接种产生的适应性免疫记忆已得到充分证实，但细菌毒素是否也能诱导固有免疫记忆（即训练免疫，TI）仍不清楚。在此，我们证明细菌毒素通过小鼠巨噬细胞中的NLRP3炎症小体激活以及小鼠体内实验诱导TI，并且该反应在原代人巨噬细胞中具有保守性。用CNF1毒素刺激可诱导表观遗传重塑，界定出一种与TI相关的转录特征。靶向RNAi筛选鉴定出Bcl2a1是TI所必需的介导因子，上位性分析表明IL-1信号传导对巨噬细胞中TI的诱导至关重要。在小鼠脓毒症模型中，毒素诱导的TI增强了宿主抵抗力并提高了生存率。这些发现确立了毒素驱动的炎症小体激活作为TI的触发因素，并揭示了其在细菌性脓毒症中的保护功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。