小鼠脾脏单细胞多组学高分辨率图谱（CTL - UTMB）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334598

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脾脏是血液的主要过滤器，在抵御病原体的免疫防御以及疫苗接种后免疫记忆的形成中发挥着关键作用。在小鼠模型中，与淋巴结相比，脾脏在体积和细胞可获得性方面具有优势，因此也是免疫学研究中常用的组织。近年来单细胞基因组分析的发展是强有力的方法，正在加深我们对免疫系统的认识，使免疫细胞类型及其功能能够达到高分辨率。在此，我们利用小鼠脾脏高质量的单细胞同核RNAseq和ATACseq数据集，开发了一个用于转录组学和表观基因组学研究的参考资源。我们依据现有文献注释了42种不同的细胞类型，并在此展示了定义各细胞群的主要参考基因，重点关注髓系细胞群。该数据集可作为小鼠脾脏转录组学和表观基因组学研究的图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。