Klebsiella相关脓毒症单细胞宿主免疫与病原基因组平行表征初步研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333704

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究采用10x Genomics scRNA-seq的单细胞RNA测序方法，探究脓毒症中的外周血免疫反应。研究收集了与肠杆菌目血流感染相关的成年脓毒症患者及健康对照者的外周血单核细胞（PBMCs）。本研究旨在刻画脓毒症的单细胞免疫特征，并比较脓毒症患者与健康受试者之间的PBMC转录谱。每个样本均提供了经Cell Ranger处理后的原始/未过滤及过滤后的特征-条形码矩阵。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。