幼年型系统性硬化症单核细胞自体干细胞移植后纵向CITE-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE332819

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数据说明

幼年系统性硬化症（jSSc）是一种罕见的严重自身免疫性疾病，以皮肤纤维化和多器官系统损伤为特征。本研究在jSSc患者中实施了自体干细胞移植（ASCT），这是一种旨在恢复免疫稳态的新近可用的治疗方案。在此，我们分析了3例jSSc患者在ASCT前以及治疗后6、12和24个月的外周血单核细胞（PBMCs）。随后对这些样本进行测序，并使用转录组和表位的细胞索引技术（CITE-seq）标记抗体。为了分析这些样本及其随时间的变化，本研究采用了一种新设计的广义线性模型。该模型借鉴自一种已有方法，并引入了自ASCT以来的时间系数，以识别众多具有纵向下降趋势的基因和通路，其中许多此前已被认为与SSc的发生发展相关，可能有助于进一步理解疾病发病机制。我们的纵向差异基因表达分析主要聚焦于单核细胞，这些细胞在多个致病基因/通路中表现出明显的下降趋势。

具体而言，与健康对照组相比，jSSc单核细胞在基线时由核因子-κB（NF-κB）驱动的炎症信号增强，但在ASCT后随时间推移下降至与健康单核细胞水平相当。我们还注意到，jSSc单核细胞中SERPINE1的表达在纵向随访中急剧下降，该基因此前已被认为与SSc发病机制相关。该工作流程描述了接受ASCT的三例jSSc患者的免疫重编程过程，并引入了一个具有统计学依据的纵向单细胞建模框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。