PANDORA-seq揭示与动脉粥样硬化发展相关的隐藏巨噬细胞小非编码RNA

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330340

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数据说明

目的：微小非编码RNA（sncRNA），如微小RNA（miRNA），在众多生物过程的调控中发挥重要功能。高通量RNA测序（RNA-seq）方法推动了sncRNA的发现，但已知RNA修饰会干扰cDNA文库构建过程，导致测序结果出现偏倚。为克服这一障碍，我们此前开发了一种先进的PANDORA-seq方法，以克服RNA修饰引起的序列干扰。PANDORA-seq能够检测到传统RNA-seq方案无法检测的高度修饰sncRNA，包括转运RNA衍生小RNA（tsRNA）和核糖体RNA衍生小RNA（rsRNA）。巨噬细胞是参与动脉粥样硬化发生和进展的主要免疫细胞。本研究旨在利用PANDORA-seq鉴定与动脉粥样硬化发展相关的新型巨噬细胞sncRNA。方法：为鉴定与动脉粥样硬化相关的巨噬细胞sncRNA，将LDLR-/-小鼠分别喂食低胆固醇饮食（LCD；0.02%胆固醇）或高胆固醇饮食（HCD；0.5%胆固醇）9周。

从腹腔巨噬细胞中分离总RNA，并同时进行传统RNA-seq和PANDORA-seq分析。结果：通过克服RNA修饰引起的局限性，PANDORA-seq揭示了LDLR-/-小鼠腹腔巨噬细胞中富含rsRNA和tsRNA的sncRNA图谱，该图谱与传统RNA-seq检测到的结果显著不同。传统RNA-seq仍将miRNA鉴定为巨噬细胞中主要的sncRNA种类。引人注目的是，PANDORA-seq结果表明，rsRNA和tsRNA是巨噬细胞的主要sncRNA类型，而miRNA仅占检测到的总sncRNA的约0.2%。此外，PANDORA-seq还检测到超过286种由HCD喂养诱导的差异表达巨噬细胞sncRNA。有趣的是，几种HCD刺激的rsRNA/tsRNA促进了巨噬细胞中促动脉粥样硬化基因的表达

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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