人类成人口腔成纤维细胞驱动免疫调节的单细胞与空间蛋白转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE317219

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类口腔组织作为屏障界面具有核心作用，但其免疫调节架构仍不明确。我们首次构建了口腔组织的整合单细胞与双平台空间蛋白转录组图谱，分析了13个生态位中超过250,000个单细胞转录组和超过4百万个空间分辨细胞。利用我们的人工智能工具AstroSuite（TACIT、Constellation、STARComm、hist2omics），我们定义了健康状态下的组织结构细胞邻域（TCNs）和多细胞相互作用模块（MCIMs），揭示了以上皮周围成纤维细胞为中心、富集效应细胞因子的枢纽。我们统一了八种成纤维细胞亚型（通用型、免疫型、上皮周围型、血管周围型、神经周围型、APC样型、应激响应型和肌成纤维细胞），其中应激响应型亚型在黏膜（I型）和腺体（II型）之间分布。空间多组学映射了空间上反复出现的受体–配体程序，并确定黏膜应激响应型成纤维细胞为推定的免疫调节枢纽。

在慢性牙周炎中，对健康和疾病数据集的微环境感知整合揭示了成纤维细胞表型及配体::受体网络被重塑为交错分布的炎症与修复微环境。疾病微环境表现出碎片化、MHC-I⁺、MHC-II⁺和PD-L1⁺成纤维细胞的扩增，并预测在异位淋巴结构与T细胞发生空间相互作用。Drug2Cell分析突出了可药物干预的基质::免疫网络。总之，该蛋白质转录组图谱将成纤维细胞定位为人类口腔组织结构免疫的核心构建者，并建立了一个可扩展的框架，用于在健康和慢性疾病中精准靶向其他屏障器官的基质::免疫生态系统。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。