妊娠期COVID相关子痫前期胎盘功能障碍转录组证据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE313868

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数据说明

引言：妊娠期SARS-CoV-2感染与不良妊娠结局（包括子痫前期（PE））数量或频率增加相关。既往已有报道称，在受COVID-19疾病影响的妊娠中可观察到类似PE特征表现的胎盘异常。然而，将SARS-CoV-2感染与胎盘功能障碍及PE样表现联系起来的分子机制仍知之甚少。方法：我们对四组胎盘组织进行了bulk RNA测序：无异常的大流行前妊娠（preCOVID-19，n=10）、大流行前子痫前期妊娠（PE，n=10）、无PE的COVID-19妊娠（COVID no HDP，n=28），以及伴有PE或其他妊娠期高血压疾病（HDP）的COVID-19妊娠（称为COVID HDP，n=10）。应用似然比（LRT）检验以识别组间差异表达基因（DEGs）。进行基因集富集分析（GSEA），以识别病理组相较于preCOVID-19组中富集的通路。使用已报道的PE基因面板将表达谱与先前定义的PE亚型进行比对。

结果：LRT检验识别出一组在四组间差异表达的16个基因（校正p值<0.05），呈现逐步上调趋势——在COVID-19前无异常妊娠中最低，其次为不伴HDP的COVID-19，再次为COVID-19前PE，而在COVID-19 HDP胎盘中最高。该基因簇包括与胎盘功能障碍相关的基因，如LAMA5、BTNL9。COVID HDP与PE组聚类在一起，共同表现为FLT1、ENG等基因的上调，而MORN3和TAP1为COVID HDP所独有。COVID无HDP组形成独立聚类，以SNX10和MTF1上调及该组其余所有基因下调为特征。形态发生相关本体在所有病理组中均富集。然而，免疫相关通路，如T细胞活化和细胞因子信号传导，在t

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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