Sjogren病动物模型泪腺转录组变化揭示腺体炎症和功能减退的关键分子介质及生物学功能改变

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309371

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

干燥综合征（Sjogren’s disease, SjD）是一种慢性自身免疫性疾病，主要累及泪腺（lacrimal glands, LGs），导致水液缺乏型干眼病（aqueous-deficient dry eye disease, DED）。泪液分泌不足或低度分泌至眼表会影响角膜和结膜的 normal 生理功能，并可能导致眼表损伤。在本研究中，我们评估了患病与健康泪腺的转录组谱，以探究泪腺自身免疫性炎症和分泌功能低下的潜在分子机制。NOR（患病动物模型/品系）与BALB/c（对照品系）小鼠之间的差异表达基因数量随泪腺炎的发生和进展而增加。最显著上调的通路主要与免疫反应相关，强调了细胞和细胞因子介导的炎症反应的激活。多种细胞因子、转录因子和Toll样受体被显著预测为驱动我们数据集中观察到的大部分差异基因表达的主要因素。

在我们的疾病模型中，涉及淋巴细胞迁移、募集和激活的生物学过程，以及脂质代谢，受到最显著的影响。许多已识别的失调基因和受影响的生物学功能在其他SjD患者和小鼠模型的转录组学研究的差异表达数据集中也表现出相似的调控。综上所述，我们的数据揭示慢性炎症诱导LG转录组发生显著改变，促进免疫细胞向LG的募集以及炎症反应的过度激活，严重阻碍正常分泌功能。未来针对已发现的一些关键失调分子/通路的研究可能为治疗慢性LG炎症和分泌功能减退开辟潜在的治疗途径。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。