HLA-B*57与HLA-E*01交叉限制的CD8 T细胞识别HIV Gag的功能特征差异 [dataset 1]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306022

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前关于非经典HLA-E限制性HIV特异性表位的描述较少，而对响应性CD8 T细胞（CD8s）的功能特征了解更少。本研究评估了靶向Gag表位（KAFSPEVIPMF或KF11）的CD8s的功能特征，这些CD8s受HLA-E（E-CD8s）或HLA-B57（B57-CD8s）限制。将来自8名HIV感染者（PWH）的CD8s与由表达HLA-B57:01、HLA-E01:01或E01:03的细胞系呈递的KF11肽共培养。通过单细胞（sc）RNA和TCR测序分析CD8s。此外，使用Luminex检测分析上清液的可溶性蛋白质组学。B57-CD8s分泌更高水平的细胞毒性细胞因子如IFNγ，而E-CD8s产生更多趋化性细胞因子，包括RANTES、CXCL10（IP-10）和IL27，这通过scRNAseq得到证实。尽管细胞因子谱不同，但由KF11刺激的TCR克隆型可被HLA-B57和HLA-E*01/03交叉限制。体外T细胞报告基因检测清楚地证明了这种交叉限制。在病毒载量较低的PWH中观察到含有TRAV5的元克隆型簇。

这些发现表明，PWH中的HIV特异性CD8细胞展现出跨HLA-B57和HLA-E01/03限制性，导致功能上独特的免疫反应，这可能有助于HIV的控制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。