GSE301280：空间转录组揭示寻常痤疮脂质代谢功能障碍与毛皮脂腺分化异常

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301280

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

寻常痤疮是一种常见的皮肤疾病，涉及分泌脂质的皮脂腺、角质形成细胞、免疫细胞和微生物群之间复杂的相互作用。尽管维A酸类药物对治疗痤疮有效，但对其发病机制仍知之甚少。尤其是，不同亚型的痤疮——包括炎症性（脓疱性）和非炎症性（粉刺性）皮损——在基因表达、信号传导和皮脂腺受累方面有何差异，目前仍不清楚。在此，我们使用针对皮脂腺分化、脂质代谢和维A酸信号通路的定制panel，对健康皮肤、非皮损皮肤、粉刺性痤疮皮肤和脓疱性痤疮皮肤进行了空间转录组学分析。我们还设计了一套专门的分割流程，以改善空间结构复杂的皮脂腺中的转录本分配。我们的分析在皮脂腺细胞中鉴定出一种PPARG+过渡性基底细胞状态，并揭示粉刺性皮肤上调皮脂生成基因，而脓疱性皮肤下调皮脂生成。两种皮损类型均表现出AP-1转录因子增加以及FABP5升高，后者是一种可减弱维A酸受体信号的伴侣蛋白。

最后，我们证明AP-1抑制剂T-5224能显著下调人角质形成细胞中的FABP5，并减少高脂饮食诱导的毛囊炎小鼠模型中的脓疱形成。总而言之，这些发现表明脂质生成、维甲酸信号传导及角质形成细胞分化的改变是痤疮的关键特征，并提示AP-1和FABP5可作为潜在的新型治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。