重症肌无力患者与健康对照PBMC单细胞RNA测序数据集

该数据集为重症肌无力患者与健康对照者的外周血单个核细胞(PBMC)单细胞RNA测序数据,采用BD Rhapsody系统对标记后的T细胞和B细胞进行单细胞捕获

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基因组分类GPL212909606
GSE297547: Single-cell RNA sequencing of PBMCs from patients with myasthenia gravis and healthy controls

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

重症肌无力患者与健康对照PBMC单细胞RNA测序数据集

GSE297547 是一个聚焦重症肌无力(myasthenia gravis)的免疫系统疾病单细胞转录组数据集,同时纳入健康对照者作为比较对象。该数据集以外周血单个核细胞(PBMC)为样本来源,采用 BD Rhapsody 系统对标记后的 T 细胞和 B 细胞进行单细胞捕获,并通过高通量测序开展表达谱分析。数据集由 T,Tanaka 提交,于 2025 年 5 月 19 日发布,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,本站归类为免疫系统疾病 / 其他。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE297547_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21290 与 9606,可用于在单细胞分辨率下考察患者与对照者 PBMC 中 T、B 细胞的转录表达特征。

【数据集背景】

重症肌无力是一种累及神经肌肉接头传递的免疫相关疾病,其外周免疫细胞尤其是 T 细胞与 B 细胞的状态常被关注。该数据集以患者与健康对照者的 PBMC 为研究对象,借助单细胞 RNA 测序技术获取单个细胞的表达信息,为在细胞层面比较两组人群的免疫细胞表达谱提供数据基础。数据集的源站标题明确指向“重症肌无力患者与健康对照者的 PBMC 单细胞 RNA 测序”,本站分类将其归入免疫系统疾病 / 其他。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE297547_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式。源站描述指出,研究对来自 PBMC 的 T 细胞和 B 细胞进行标记,并使用 BD Rhapsody 系统完成单细胞捕获,随后进行高通量测序的表达谱分析。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21290 和 9606,分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号与人类物种编号。数据内容围绕患者与健康对照者 PBMC 中 T、B 细胞的单细胞转录表达展开。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 T,Tanaka,发布时间为 2025 年 5 月 19 日。样本为重症肌无力患者与健康对照者的外周血单个核细胞,实验流程为对 PBMC 中的 T 细胞和 B 细胞进行标记后,使用 BD Rhapsody 系统进行单细胞捕获。除上述信息外,样本采集地点、采集时间、伦理审批与知情同意等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于在单细胞水平上比较重症肌无力患者与健康对照者 PBMC 中 T 细胞和 B 细胞的表达谱,可用于免疫细胞组成与转录特征的分析性研究,也可作为高通量单细胞表达谱数据的读取与处理练习对象。由于数据涉及人类物种(9606)与免疫系统疾病方向,适合免疫学、单细胞组学相关的方法学探索。具体分析结论需结合数据实际内容判断,源站未提供预设的分析结论或应用案例。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE297547_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件,读取时应关注文件内的矩阵结构与样本注释信息是否完整。源站未提供更详细的分析流程、软件参数或代码示例。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,规模信息有限;源站未提供细胞数量、测序深度、质控指标、批次信息或重复样本数量等质量相关细节。数据仅覆盖 PBMC 中标记后的 T 细胞和 B 细胞,未提及其他免疫细胞类群。发布时间为 2025 年 5 月 19 日,作者为 T,Tanaka。使用时应以实际文件内容为准,源站未提供的质量评估结论不应臆测。

【引用与许可】

源站未提供引用格式与许可条款信息。使用该数据集时,应参考来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上该数据集页面的最新说明,并遵循源站的相关使用政策。作者信息为 T,Tanaka,数据集英文名为 GSE297547: Single-cell RNA sequencing of PBMCs from patients with myasthenia gravis and healthy controls。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297547

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自PBMC的T细胞和B细胞经标记后,使用BD Rhapsody系统进行单细胞捕获处理。

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