GSE282570：单细胞转录组测序揭示乳糜泻小肠组织的细胞异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282570

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：乳糜泻（CeD）是一种由遗传易感个体摄入麸质蛋白引起的自身免疫性小肠疾病。全基因组关联研究和转录组数据在捕捉细胞间遗传变异方面能力有限。我们旨在构建单细胞转录组图谱，分析免疫微环境和细胞异质性，发现疾病相关特异性基因和标志物，并探索CeD的发病机制。方法：我们对3例CeD患者和3例健康中国对照者的小肠活检组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）。采用免疫组织化学（IHC）和定量PCR（qPCR）验证疾病差异基因的潜在诊断生物标志物。结果：共注释出10个细胞亚群，包括3种上皮和基质细胞以及7种免疫细胞。IHC显示，CeD组上皮内淋巴细胞中T细胞疾病差异基因TRAT1、BCL11B和ETS1显著过表达。使用qPCR进行的进一步临床验证证实，ETS1（P = 0.010）、TRAT1（P ＜ 0.001）和BCL11B（P = 0.036）w

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。