感染后造血阶段表观遗传谱揭示保守染色质改变的基因组位点

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE280820

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数据说明

感染会导致造血干细胞和祖细胞（HSPCs）发生持久的细胞自主性改变，从而产生免疫功能增强的先天免疫细胞。这一现象被称为中枢训练免疫，其潜在机制仍知之甚少。我们假设感染会诱导染色质中的组蛋白修饰，导致染色质可及性发生变化，这些变化从HSPCs传递至髓系祖细胞、单核细胞和巨噬细胞。为验证这一假设，我们对未感染与鸟分枝杆菌感染小鼠的造血干细胞、多能祖细胞3、粒细胞-单核细胞祖细胞、单核细胞和巨噬细胞中激活性组蛋白标记H3K27Ac和H3K4me3以及染色质转座子可及性进行了全基因组监测。结果显示，在干扰素和细胞因子信号传导的生物学反应中，激活性组蛋白标记和染色质可及性广泛增加。与这一发现一致，与干扰素信号传导相关的转录因子结合基序，包括IRFs、NF-kB和CEBP，在各类细胞中高度富集。

然而，组蛋白标记的激活和染色质可及性的增加通常仅在少数位点（包括Irf1和Gbp6）被诱导，且这一现象在多个分化阶段中均有出现。综上所述，系统性感染时炎症信号的处理会导致HSPCs发生表观遗传改变，而这些改变在下游单核细胞中的少数基因位点上具有保守性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。