TGF-β调控SIV感染恒河猴IFN抗病毒训练免疫表观重编程的单细胞多组学数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279314

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

目前针对消除潜伏HIV感染细胞的免疫治疗策略，主要集中于利用疫苗和广谱中和抗体（bNAbs）被动输注来靶向免疫系统的适应性分支。近期研究表明，佐剂触发的固有髓系细胞表观遗传重编程可促进干扰素（IFN）诱导的抗病毒免疫状态以及对异源病毒感染抵抗力的形成。本研究对一组SIV感染且病毒学抑制的恒河猴（RMs）样本进行了流式细胞术、批量及单细胞RNA-Seq/ATAC-Seq分析，这些恒河猴在分析性治疗中断（ATI）前接受了抗IL-10和抗PD-1单克隆抗体联合治疗（联合治疗）。实验结果显示，联合治疗导致髓系细胞和CD4+ T细胞中染色质可及性、IRF7/3和STAT1表达以及IFN刺激抗病毒基因表达发生选择性改变。这些恒河猴在ATI后表现出对SIV病毒反弹的严格且持久的控制，并且淋巴结中细胞相关病毒DNA（CA-vDNA）水平下降。

这些RM显示SMAD2/SMAD3、AP-1和NFKB1位点的染色质可及性降低，并且TGF-b和SMADs靶基因的表达较低。这一特征与在HIV精英控制者中观察到的特征一致，这些控制者在不接受ART的情况下维持检测不到的病毒水平，且其HIV储存库规模较小。这些结果突显了TGF-b与IFN之间相互作用在表观遗传调控的先天抗病毒免疫反应中的关键作用，这种反应可影响病毒储存库。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。