GSE276263：奶牛繁殖力表观遗传研究——免疫细胞甲基化参与奶牛繁殖

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE276263

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数据说明

不孕症和产后生殖疾病带来了重大的临床和经济挑战，尤其是在养牛业中。妊娠成功在很大程度上取决于母体免疫系统识别和耐受胚胎的能力。免疫细胞在促进胎儿-母体免疫耐受中的作用至关重要，凸显了其在产后生育力中的重要性。在此背景下，造血细胞中的DNA甲基化可能在决定动物对产后生育问题的易感性方面发挥关键作用。因此，识别与不孕症相关的表观遗传变化对于推进可持续动物生产至关重要。表征与生育力相关的免疫细胞甲基化组将有助于实现早期表型鉴定，为检测动物潜在亚生育力的创新方法奠定基础。在本研究中，我们采用全表观基因组测序和酶法甲基化测序（EM-seq）分析了从同一农场饲养的十二头荷斯坦奶牛在出现任何疾病之前采集的全血中的DNA甲基化模式。

该方法有助于绘制与次年观察到的不同生育表型相关基因的表观遗传修饰图谱，揭示了可育牛与低育牛之间的显著差异。我们鉴定出216,990个差异甲基化胞嘧啶（DMCs），其中干扰素tau-3（IFNT3）、KIAA0825和RAS相关蛋白2A（RAP2A）这三个基因表现出高度显著性。此外，还鉴定出23个受DMCs影响的关键基因，这些DMCs分布于五个区域（转录起始位点-TSS岸、内含子、外显子、远端基因间区以及基因下游）。值得注意的是，干扰素tau-3因其在牛早期胚胎发育和妊娠建立中的作用而显得尤为关键，在低育牛的TSS岸中存在七个DMCs。同样，KLRA1基因（Ly49）与人类的KIRs类似，主要表达于自然杀伤

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。