WT与TTP敲除嗜碱性粒细胞的Bulk RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272532

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

嗜碱性粒细胞在2型免疫应答中发挥关键作用，例如慢性过敏性炎症和抗寄生虫的保护性免疫。然而，调控嗜碱性粒细胞活化及效应分子产生的分子机制仍知之甚少。为研究RNA结合蛋白（RBP）的作用，我们首先分析了抗原/IgE刺激的嗜碱性粒细胞中CCCH锌指蛋白的基因表达。在这些蛋白中，我们发现编码tristetraprolin（TTP）的Zfp36是上调最显著的基因。因此，我们聚焦于TTP在嗜碱性粒细胞中的功能。我们采用CRISPR-Cas9方法构建了TTP基因敲除（TTP-KO）小鼠，并对野生型（WT）和TTP敲除（TTP-KO）小鼠抗原/IgE刺激的嗜碱性粒细胞进行了bulk RNA-seq分析。与WT嗜碱性粒细胞相比，TTP-KO嗜碱性粒细胞中促炎介质的mRNA表达升高，如Il4、Il13、Areg、Ccl3和Cxcl2。这些数据表明，TTP是嗜碱性粒细胞活化的关键调控因子，控制炎症介质的mRNA表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。