感染期间活中性粒细胞的错误胞葬作用阻碍炎症消退 [RNAseq_双物种]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE264523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们证明，被细菌病原体牙龈卟啉单胞菌（Porphyromonas gingivalis, Pg）感染的中性粒细胞会被巨噬细胞活体摄取，且该过程绕过了所有已知的胞葬受体-配体相互作用。活细胞摄取是由Pg蛋白酶RgpB对中性粒细胞颗粒蛋白的蛋白水解所介导的。随后，这些由RgpB生成的胞葬配体发生易位并被巨噬细胞补体受体3（CR3）识别，从而导致巨噬细胞对活中性粒细胞的内化。与凋亡细胞诱导的免疫抑制相反，活中性粒细胞的胞葬作用具有高度炎症性。因此，我们的数据揭示了一种细菌病原体采用的新型免疫颠覆策略，该策略利用一种此前未知的受体-配体相互作用来实现活细胞的胞葬，并由此导致炎症消退的失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。