bMOG免疫小鼠淋巴结浆母细胞的单细胞转录组与V(D)J分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE260585

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自身抗体参与许多自身免疫性疾病，但目前尚无选择性中和这些抗体的治疗方法。实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）是一种常用的小鼠模型，若能更好地理解其中所涉及自身抗体的性质与重要性，该模型可用于开发此类疗法。在本研究中，我们分析了用名为bMOG的突变型髓鞘少突胶质细胞糖蛋白（MOG）抗原免疫诱导的EAE小鼠中分泌自身抗体的滤泡外浆母细胞。这些CD138+细胞在免疫后第8天从淋巴结中富集，并利用10× Genomics技术进行单细胞RNA测序分析。本文提供了从基因表达（GEX）和VDJ cDNA文库获得的原始数据和处理后数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。