对照与结节病鼻气道上皮细胞培养RNA-seq

该数据集来自 NCBI GEO(GSE252763),包含对照与结节病(sarcoidosis)人鼻气道上皮细胞培养的 RNA-seq 数据,样本在气液界面(ALI)条件下培养

geo
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基因组分类GPL246769606
GSE252763: RNA-seq of control and sarcoidosis human nasal airway epithelial cell cultures

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

对照与结节病鼻气道上皮细胞培养RNA-seq

GSE252763 是一项聚焦结节病(sarcoidosis)与健康对照人群鼻气道上皮细胞培养的 RNA-seq 数据集,来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),归类于免疫系统疾病 / 其他。该研究旨在比较健康对照与结节病患者鼻气道上皮细胞在气液界面(ALI)培养条件下的基因表达差异,采用高通量测序进行表达谱分析,物种为人(9606),平台标注为 GPL24676。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE252763_series_matrix.txt.gz,作者为 Miles,D,Hagner,发布时间为 Jan 08 202。整体而言,该数据集为研究结节病气道上皮层面的转录组变化提供了直接的高通量测序材料。

【数据集背景】

结节病是一种累及多系统的疾病,其气道局部上皮细胞在疾病发生发展中的表达特征值得关注。该研究的目标是考察健康与结节病鼻气道上皮细胞培养物在气液界面(ALI)条件下的基因表达差异。气液界面培养是模拟气道上皮分化与屏障功能的常用体外模型,在此条件下比较转录组,有助于从上皮细胞自身角度观察疾病相关表达变化。数据集的主题标签为 Expression profiling by high throughput sequencing,并标注 GPL24676 与 9606,表明其属于高通量测序表达谱研究、使用指定测序平台且物种为人。

【数据内容】

数据集包含对照与结节病人鼻气道上皮细胞培养的 RNA-seq 数据,样本在气液界面(ALI)条件下培养。数据以表达谱形式组织,文件数量为 1,样例文件名为 GSE252763_series_matrix.txt.gz,为 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常承载样本层面的表达信息与相关注释,可用于后续的差异表达与样本间比较分析。源站未提供样本数量、分组明细、测序深度、reads 长度等更细颗粒度的信息。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 数据库收录的数据集,编号 GSE252763。源站描述说明研究目的是检查健康与结节病鼻气道上皮培养物在 ALI 条件下的基因表达差异。作者信息为 Miles,D,Hagner,发布时间为 Jan 08 202。关于样本采集地点、伦理审批、临床信息等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫系统疾病特别是结节病相关的气道上皮转录组研究,可用于比较健康对照与结节病样本在 ALI 培养条件下的基因表达谱,识别差异表达基因,并作为气道上皮体外模型研究的参考数据。由于主题标签包含高通量测序表达谱,也适合用于表达谱分析流程的验证与复现。涉及具体临床解释或机制推断时,需结合更多信息,源站未提供相应内容。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE252763_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅含 1 个文件,读取后应检查样本标识、分组信息与表达值字段的对应关系,再进行后续的差异分析与可视化。源站未提供具体的分析脚本或预处理参数。

【质量与限制】

数据集文件数量为 1,信息组织相对集中,便于获取;但源站未提供样本量、测序质量指标、批次信息与临床元数据,限制了对其质量的独立评估。数据仅覆盖鼻气道上皮细胞培养的转录组层面,不能直接外推到其他组织或体内状态。使用时应关注平台 GPL24676 与物种 9606 的注释匹配情况。源站未提供质控报告与限制说明。

【引用与许可】

引用时应参考 NCBI GEO 数据集 GSE252763 及其作者 Miles,D,Hagner,发布时间 Jan 08 202。关于许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE252763

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在探讨健康人与结节病鼻气道气液界面(ALI)培养上皮细胞之间基因表达的差异。

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