Tat RNA 强效逆转潜伏实现翻译 competent HIV 储存库多组学分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE247402

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV感染仍无法治愈，原因是潜伏感染细胞的长期持续存在，这些细胞能够在抗逆转录病毒治疗中断时重新点燃病毒血症。激活并杀灭策略旨在通过诱导病毒基因表达来清除这一潜伏储存库，使感染细胞暴露于免疫系统的清除作用之下。在此，我们提出一种Tat mRNA制剂，当与帕比司他联合使用时，能够实现潜伏逆转，其水平比最强效的促分裂原所达到的水平高出3倍以上。我们证明，该mRNA制剂不会改变CD4 T细胞的转录组或表型，从而能够在接近天然状态下对潜伏逆转后的感染细胞进行离体评估。利用这一特性，我们展示了潜伏逆转后感染细胞与未感染细胞之间的转录组和蛋白质组差异，包括细胞毒性蛋白颗粒酶A和一种新型长非编码RNA的上调。

总体而言，我们证明了一种Tat mRNA制剂能够有效重新激活潜伏的HIV，为研究可诱导的HIV储存库提供了宝贵的研究工具，并为实现更有效的“休克与杀灭”功能性治愈铺平了道路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。