HIV-1感染细胞的单细胞表观遗传、转录和蛋白状态 [scATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE239915

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV-1感染细胞的异质性和稀有性阻碍了有效治愈策略的实施。我们采用单细胞DOGMA-seq技术，在病毒血症期间及抑制性抗逆转录病毒治疗后，同时捕获了六名HIV-1阳性个体的转录因子可及性、转录组、156种表面蛋白、HIV-1 DNA及HIV-1 RNA。从82,549个记忆CD4+ T细胞中，我们鉴定出252个转录不活跃（HIV-1 DNA+ RNA–）和270个转录活跃（HIV-1 RNA+）的HIV-1感染细胞。我们发现，HIV-1 DNA+ RNA–细胞中RORC的转录因子可及性增加，HIV-1 RNA+细胞中IRF和AP-1的可及性增加，两者中CNC和MAF的可及性亦增加。HIV-1 DNA+ RNA–和HIV-1 RNA+细胞均上调IKZF3（Aiolos），其与HIV-1感染细胞的增殖相关。我们揭示，异质性的HIV-1感染T细胞由表观遗传调控因子驱动形成四种不同的免疫程序——IRF激活、Eomes-细胞毒性效应、AP-1-迁移及细胞死亡。我们的研究揭示了转录不活跃和活跃的HIV-1感染细胞在单细胞层面的表观遗传、转录及蛋白状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。