ApoE-/-小鼠与MSC_ITGB3治疗ApoE-/-小鼠主动脉细胞单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE238011

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对接受或未接受MSC_ITGB3治疗的高脂饮食喂养小鼠主动脉的33,782个单细胞进行了单细胞RNA测序。我们构建了包含30个细胞簇的图谱，主要为平滑肌细胞（SMCs）、内皮细胞（ECs）和免疫细胞。在高脂饮食组中，与增殖、迁移和胶原相关的基因在主要SMC亚群中高表达。然而，在MSC_ITGB3组中，SMC亚群中收缩相关基因的表达显著高于高脂饮食组。高脂饮食后，具有活跃PI3K-Akt信号通路、细胞外基质-受体相互作用和收缩相关基因的EC亚群显著富集。在MSC_ITGB3组中，与动脉粥样硬化病变进展呈正相关并促进脂质蓄积的树突状细胞数量减少，炎症因子水平降低。这些关于干细胞治疗和动脉粥样硬化疾病进展后主动脉细胞组成、信号通路和细胞间通讯的数据可能有助于改善动脉粥样硬化的治疗。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。